Reformacija (lat. reformatio: obnova), pokret koji je početkom XVI. st. u duhovnom i političkom smislu uzdrmao srednju i sjevernu Europu, naziva se i protestantizmom (lat. protestare: prosvjedovati), po prosvjedu što su ga njemački staleži 14 gradova i 5 knezova uložili protiv zaključka donesenog na državnom saboru u Speyeru 1529. kojim se zabranjuju sve crkvene reforme.

U Istri je reformacija obilježila društvenu i političku povijest XVI. st., no nije imala dugotrajnijeg uspjeha. Poluotok je 1521., nakon pregovora u Wormsu između Karla V. i Mletačke Republike, podijeljen na mletačko i austrijsko područje.

Dio Istre koji je priznavao suverenitet mletačkog dužda bio je jače zahvaćen promjenama koje su njemački trgovci donosili u Trst. Luteranizam se širio i propovijedima i spisima nekih crkvenih ljudi koji su u dodir s novim idejama došli ne samo u Njemačkoj nego i u sjevernoj Italiji, gdje je na nekim učilištima djelovao snažan krug prekoalpskih studenata, koji su kao misionari širili Lutherove misli. Za neka mjesta u Istri presudnu je ulogu imao i stav mjesnih biskupa, koji su ponegdje (Kopar i Pula) otvoreno ili prikriveno podupirali reformni duh promjena. S druge strane, uzroci nezadovoljstva nisu bili samo gospodarske naravi, nego mnogo više posljedica sablažnjiva ponašanja dijela svećenstva koje je vodilo život suprotan celibatu, u raskoši i porocima.

Slabijem prodoru reformacije u dio Istre pod bečkom krunom pridonijelo je oštro protivljenje Habsburgovaca luteranskim idejama, za razliku od mletačkih vlasti, koja je prema novim strujanjima bila tolerantna. Prodor luteranskih ideja u Istru pod mletačkom vlašću zabilježen je dosta rano. Presudnu ulogu imao je stav koparskoga biskupa Pietra Paola Vergerija ml. i pulskoga biskupa Giovannija Battiste Vergerija, koji su otvoreno podupirali duh promjena. Papinski nuncij u Veneciji, Girolamo Aleandro, javljao je 1534. u Rim da u Piranu veći dio žitelja, među njima i vodeći ljudi grada, pripadaju luteranima, a gotovo istovremeno nuncij u Beču i tada još vatreni branitelj katoličkog pravovjerja, P. P. Vergerije, pokušavao je objasniti pojavu širenja reformacije u Trstu.

U Piranu je vatreni zagovornik novih strujanja bio ugledni liječnik i humanist Giovanni Battista Goineo. On je optužen u Veneciji, ali je, sluteći presudu, prebjegao u Njemačku i nestao. U Piranu je 1549. Annibale Grisonio istraživao raširenost hereze te je pronašao glasovitu »Piransku skupinu«, kojoj su pripadali više-manje svi sljedbenici P. P. Vergerija, pripadnici raznih društvenih staleža. Među njima najpoznatiji je bio Marco Petronio Caldana, pod istragom već 1534. Nešto poslije, ali intenzivnije nego u Piranu, luteranske su novosti prodrle u susjedni Kopar, sjedište tada već biskupa Vergerija. Od žestoka branitelja katoličkog nauka postupno se pretvorio u neustrašiva širitelja luteranizma. Pozvan da se brani od optužaba, Vergerije se sklonio u Njemačku, gdje je definitivno raskinuo vezu s Rimom, te je u povijesti Katoličke crkve prvi katolički biskup južno od Alpa koji je javno prihvatio reformaciju.

Budući da se Venecija iz političkih razloga izmirila s Rimom, na zahtjev pape uvela je 1550-ih crkvenu inkviziciju u svoje zemlje, pa je Sveti uficij počeo proganjati sve pristaše reformacije. Svi sumnjivci bili su pozivani pred crkveni sud, protiv njih su podizane vjerske optužnice te su se uz javnu pokoru morali odreći svih vjerskih novotarija. Tko se nije želio pokoriti, morao je ostaviti sve mletačke zemlje i vode i bio je javno izopćen iz Crkve.

Da se luteranske ideje nisu širile samo trgovačkim vezama nego i blagonaklonim stavom nekih biskupa, svjedoče primjeri iz Pule i Trsta. Tako je pulski biskup G. B. Vergerije, stariji brat koparskoga biskupa, bio – ako ne u potpunosti luteran – vrlo popustljiv prema nekim svećenicima i fratrima koji su u Pulskoj biskupiji javno širili reformacijske ideje, te je 1549. na procesu pred inkvizicijom ustvrđeno kako su »žitelji Pule i Vodnjana luterani većim dijelom i da se u Vodnjanu napose nije služilo više od jedne kratke mise na dan, dok su pastiri i seljaci žestoko raspravljali o pitanjima vjere«.

Osim u Puli i Vodnjanu, protestantske su ideje bile osobito izražene u Labinu zahvaljujući djelovanju Balda Lupetine, najistaknutijega luteranskog misionara na ovim prostorima, i njegova nećaka Matije Vlačića Ilirika. Prvi je nakon duga tamnovanja u Veneciji završio život utopljen u mletačkoj laguni (1556.), a drugi je djelovao u Njemačkoj, ali je i ondje imao nemiran i mukotrpan život.

U austrijskom dijelu Istre protestantske ideje jače su utjecale u Trstu, gdje je reformaciju u početcima širio slovenski pastor Primož Trubar, uz toleranciju biskupa Pietra Bonoma, čovjeka inače stroga života i zauzete vjere, istaknutog humanista i kulturnog mecene. Nakon biskupove smrti luteranski žar širenja novih ideja postupno se gasio. Njihovo djelovanje, kao i Vlačićevo, Konzulovo, Lupetinino, Francesca Barba i drugih, uz materijalnu pomoć baruna Hansa Ungnada i P. P. Vergerija, bilo je usmjereno prevođenju i priređivanju liturgijskih knjiga na narordni jezik (protestantska knjževnost, protestantsko tiskarstvo). Francesco Barbo, vlasnik kaštela Kožljak podno Učke i riječki kapetan, u svojem je dvorcu davao utočište i potporu širiteljima luteranizma u Istri. U Kožljaku se dugo održao utjecajni krug zagovornika novih ideja, uglavnom vlastele, koji su uživali i veće vjerske slobode.

Potkraj XVI. st. reformacija je u Istri već bila znatno oslabjela, a djelovanje kožljačkoga kruga potrajalo je do početka XVII.st., kada su u Rijeku došli isusovci, s posebnim zadatkom pobijanja luteranskog nauka, u čemu su vrlo brzo i uspjeli (protureformacija).