Protureformacija, u protestantskoj historiografiji naziv za nastojanja i mjere što ih je Katolička crkva poduzimala od XVI. st., od Tridentskoga koncila (sabora) do XVII. st., tj. do Westfalskoga mira (1648.), kako bi zaustavila širenje Lutherova protestantizma i drugih reformacijskih učenja.

U katoličkoj historiografiji radije se rabi izraz katolička obnova, koji ističe pozitivne strane katoličkoga odgovora na reformni pokret. Na Lutherov pokret istodobno se javlja reakcija Rimske katoličke crkve i cara Karla V. Odluke sabora u Wormsu (1521.) i u Speyeru (1529.) nisu uspjele zaustavili pokret te je Karlo V. zbog stalnih ratova s Francuskom i Turskom morao popuštati protestantima.

Stoga je sklopljen vjerski mir na državnom saboru u Augsburgu 1555. (Augsburška konfesija), kojim je protestantska vjera dopuštena i izjednačena s katoličkom. Prvi znaci organiziranog i učinkovitog otpora obilježeni su dvjema posve različitim inicijativama; s jedne strane Ignacio Loyola spontano zahtijeva da se 1534. u Parizu osnuje red isusovaca, koji bi papi bili na raspolaganju kao misionari, osobito u Svetoj zemlji, dok je i s druge strane, na inicijativu Pavla III., u Rimu osnovana kardinalska komisija zadužena za borbu protiv širenja protestantizma na katoličkim područjima Sveta kongregacija Rimske inkvizicije (Sveti uficij). Tako su između 1534. i 1542. počeli prvi koraci protureformacije, ali tek odluke Tridentskoga koncila (1545.–63.) dale su čvrst temelj za usklađeno djelovanje svih snaga protureformacije.

Istra je zbog svog položaja na razmeđi kulturnih zona oduvijek bila vrlo podložna utjecajima, a istarsko je područje u trenutku pojave protestantizma u mletačkim posjedima, dalo istaknute osobe, poput Matije Vlačića Ilirika i braće Pietro Paolo Vergerio, ml. i Giovanni Battista Vergerio. Stoga odnos Sv. uficija prema Istri nije bio slučajan, nego se temeljio na konkretnim činjenicama. Inkvizicija je u Mletačkoj Republici imala svoja generalna i regionalna sudišta, a kada se reformacija počela širiti i na istarskom području, već u prvoj polovici XVI. st., veći dio Istre (osim unutarnjega područja oko Pazina) politički je potpadao pod vlast Venecije, koja nije blagonaklono promatrala prodor tih germanskih ideja, ali nije u tome gledala ni tragične prijetnje, pa je bila tolerantnija prema širenju protestantskih reformi. Zbog toga se, bar u početcima, prema pobornicima i širiteljima novih ideja ni u Istri nisu primjenjivale oštrije mjere. U Piranu su tako neki širitelji protestantizma, predvođeni Marcom Petroniom Caldanom i Marcantoniom Venierom, uhićeni i u siječnju 1534. odvedeni u Veneciju, gdje su proglašeni krivima, no nakon što su potpisali odreknuće, pušteni su na slobodu uz kazne duhovne naravi. Da je njihovo odreknuće bilo samo izvanjska formalnost, potvrđuje činjenica da su ubrzo javno očitovali svoje luteranske ideje, zbog čega su poslije još jednom morali pred središnje crkveno sudište u Veneciju.

U Veneciji je bilo redovito crkveno sudište mletačke inkvizicije, pri samostanu franjevaca konventualaca Santa Maria dei Frari, sve do 1560., kada je papa Pio IV. tu službu povjerio dominikancima. Posljednji mletački inkvizitor iz reda franjevaca konventualaca bio je fra Felice Peretti, poslije papa Siksto V., koji je kao generalni inkvizitor u Veneciji djelovao 1557.–60., a kraće vrijeme i u Kopru. Osim generalnog inkvizitora, postojali su i regionalni inkvizitori, redovito iz reda franjevaca konventualaca. Tako je i za Istru ta služba sve do ukinuća inkvizicije redovito bila povjerena franjevcima konventualcima, koji su po Istri imali velik broj samostana (Trst, Milje, Kopar, Piran, Poreč, Pula, Labin).

Sjedište se istarskih inkvizitora pomicalo s mjestom boravka onoga koji je obavljao tu službu, no u drugoj polovici XVI. st. stalno sjedište istarske inkvizicije ustanovljeno je pri koparskom samostanu sv. Franje. Regionalni inkvizitor za Istru nije imao ovlast donositi presude, nego se njegova služba uglavnom svodila na bdjenje oko katoličkog pravovjerja, ali i ćudorednoga života, a u slučaju ozbiljnih sumnji morao je prikupljati dokaze i ispitivati svjedoke, te sve to, ako je smatrao dokazanim, uputiti na više sudište u Veneciju. Procesi su se redovito otvarali na temelju neke potpisane prijave. Zahvaljujući istraživanjima u venecijanskom Državnom arhivu, danas se znaju i točni podatci o svim procesima koje je mletačka inkvizicija vodila u razdoblju 1545.–1764. Zna se za 161 ime, najviše iz XVI. st., pristaša biskupa P. P. Vergerija, ml. iz Kopra i Pirana, ali i Pule, Vodnjana i Labina. Osobito su se gorljivima u otkrivanju osumnjičenih u Kopru i Piranu pokazali koparski kanonik Annibale Grisonio i negdanji prijatelj koparskoga biskupa Vergerija Girolamo Muzio, poznat po vrlo oštrim spisima (tzv. vergeriane), u kojima je napadao krivovjerje svojega bivšeg prijatelja. Popis procesa protiv Istrana u Veneciji, koji obuhvaća više od dva stoljeća, ne otkriva ipak koliki je broj optuženih i osuđenih, ali je poznato da je bar nekolicina bila osuđena i na smrt (Baldo Lupetina).

Mletačkim procesima kao represivnim mjerama za potiskivanje reformacije nije završena protestantska epizoda u Istri, ali krajem XVI. st. reformne ideje sve više jenjavaju. Papa Grgur XIII. povjerio je 6.VI.1579. veronskom biskupu Agostinu Valieru zadaću da obiđe Dalmaciju i Istru. Proučavanje njegovih spisa pokazalo je da je postojala skupina krivovjeraca te da su čvrste veze bile uspostavljene u jezgri koja je uživala zaštitu Francesca Barba, gospodara Kožljaka u Pazinskoj knežiji, kao i da je bilo pojedinačnih heretika na mletačkom području istarskih biskupija. Valier je krenuo u odlučno iskorjenjivanje svakog zastranjenja i zloporabe svim sredstvima, a njegova misija bila je odlučujuća za ostvarenje Tridentske reforme ne samo u Trstu nego i u istarskim i dalmatinskim biskupijama, te za izgradnju novog odnosa klera i puka prema problemima katoličkog morala. Unatoč primjeni tridentskih normi u Istri, zapisnici Valierove apostolske vizitacije pokazuju da su krajem XVI. st. postojale male zajednice heretika, osobito u Vodnjanu (Pulska biskupija) i u dijelu sjeverne Istre pod crkvenom jurisdikcijom Tršćanske biskupije. Pretpostavlja se da je bio velik broj svećenika optuženih za konkubinat.

Valier je u svim biskupijama pod mletačkom upravom suzbio pojavu, ali u habsburškoj Istri i u riječkom protestantskom krugu krivovjerni pokret se nastavio razvijati. Kad su u XVII. st. u Rijeku došli isusovci, oni su katoličanstvu vratili heretike. Bile su to posljednje manifestacije protestantsko-reformističkog pokreta koji je izravno zahvatio austrijske nasljedne zemlje i koji je nadvojvoda Ferdinand uz pomoć svojih savjetnika (Georg Stobeo, lavantski biskup i Martin Brenner, seckauski biskup) naumio potpuno suzbiti krajem XVI. st. Habsburška politika izravne potpore Crkvi za ponovno uspostavljanje reda i pravovjerja u nasljednim zemljama imala je protutežu u potpori isusovaca učinkovitim djelovanjem na duhovnom i svjetovnom planu, ali na štetu tradicionalne autonomije i sloboda pokrajinskih država.