Ustanak i njemačka okupacija (1943.–45.). Bilo je to prijelomno razdoblje u povijesti Istre XX. st., doba društvenih procesa homogenizacije interesa velikoga dijela stanovništva, poglavito Hrvata.

Politizaciju stanovništva Istre članovi su narodnooslobodilačkog pokreta (NOP) provodili kroz nacionalno i socijalno oslobođenje, dva osnovna zahtjeva što su proizišla iz općih povijesnih uvjeta u kojima su se našli istarski Hrvati. Ostvarenje zahtjeva bilo je moguće samo prihvaćanjem ideje o nužnosti dizanja oružanog ustanka. Predustanički dani 1943. bili su obilježeni mnoštvom političkih i vojnih aktivnosti ne baš mnogobrojnih pripadnika NOP-a. Prva istarska partizanska četa osnovana je 27.VIII.1942. ispod Risnjaka, a 3.IX. prešla je Rapalsku granicu i utaborila se na Planiku. To je tada bila jedina naoružana istarska partizanska jedinica i jezgra razvoja NOP-a i narodnooslobodilačke borbe (NOB). Krajem kolovoza 1943. osnovan je Okružni narodnooslobodilački odbor (NOO) za Istru, za čijega je predsjednika imenovan Joakim Rakovac. Novačenje je prije kapitulacije Italije (8.IX.1943.) bilo gotovo onemogućeno preventivnom mobilizacijom u talijansku vojsku, kojom se htjelo spriječiti »dobrovoljno ili prisilno prelaženje na stranu pobunjenika«. Aktivisti i pristaše NOP-a su prije i poslije kapitulacije Italije izvodili sabotaže, pregrađivali ceste i pruge, sjekli telefonske stupove i sl.

Kapitulacijom Italije u Istri počinje općenarodni masovni antifašistički (antifašizam), ali i nacionalni ustanak Hrvata, Slovenaca te manjega dijela Talijana. Širok odziv stanovništva više je rezultat dugo nakupljanoga gnjeva protiv fašizma nego sustavne organizacije, pa organizatori ustanka nisu mogli kontrolirati tijek događaja. Užurbano i donekle improvizirano stvarale su se i zaplijenjenim oružjem naoružavale prve ustaničke (partizanske) jedinice, bez prave vojne discipline i izvježbanosti. Na brzinu organizirani partizanski odredi i narodnooslobodilački odbori (NOO), koji su preuzeli političku i vojnu inicijativu, krenuli su u razoružavanje talijanskih vojnika, karabinjerskih postaja i garnizona. Talijanski vojnici, zbunjeni kapitulacijom i nastalim stanjem, uglavnom su bez ozbiljnijeg otpora predavali oružje, a neki su se pridružili ustanicima. Već je 23.IX.1943. u Pazinu osnovan Operativni štab za Istru, koji je vodio partizanske jedinice sve do 29.VIII.1944., kad je postao Štab 43. istarske divizije. Operativni je štab uspio osnovati nekoliko vojnih jedinica: 1. brigadu »Vladimir Gortan«, 2. brigadu, 1. partizanski odred »Učka« odnosno 3. brigadu te Kastavsko-riječki odred.

Tek osnovani Okružni NOO za Istru sazvao je tijekom ustanka hitno zasjedanje u proširenom sastavu kako bi se donijele važne odluke o sjedinjenju Istre s Hrvatskom i o tome da se »revolucionarna smjena vlasti ozakoni«. U donošenju odluke o sjedinjenju u Pazinu 13.IX.1943. sudjelovali su predstavnici različitih društvenih slojeva. Proglas s pozivom na oružani ustanak te odlukama o prekidu političkih i državnopravnih veza s Italijom i sjedinjenju Istre s Hrvatskom pred članovima je sabora pročitao predsjednik Okružnoga NOO-a J. Rakovac (Pazinske odluke). Odluke je 20.IX. potvrdio ZAVNOH. Istarski Slovenci donijeli su 11.IX. odluku o sjedinjenju slovenskih dijelova Istre Sloveniji, temeljeći svoje zahtjeve na prirodnom i povijesnom pravu te na aktima 14 Wilsonovih točaka (pravo na samoodređenje naroda) i na Atlantskoj povelji. Tako je Istra usred rata i u trenutcima nacionalne euforije objavila svoj hrvatski i slovenski nacionalni identitet. U oslobođenom je Pazinu 25.–26. IX. održana sjednica Privremenoga pokrajinskog NOO-a za Istru (bivši Okružni NOO), na kojoj su doneseni zaključci o ukidanju svih fašističkih zakona i o tome da se Talijanima priznaju »sva nacionalna prava, kao što su pravo na jezik, vlastite škole i tisak i slobodan kulturni razvitak«.

Reakcija talijanskih antifašističkih snaga na Pazinske odluke bila je dijelom negativna. Poziv Talijanima na opći oružani ustanak uputio je 9.IX. Antifašistički komitet, koji su činili predstavnici Komunističke stranke Italije, Socijalističke stranke Italije i Stranke akcije. Ni tada nije došlo do općega pokreta. Dio Talijana ušao je u Miliciju za teritorijalnu obranu (Miliza per la difesa teritoriale), u službi Nijemaca. U gradovima su to bili većinom Talijani, a u okolnim selima malobrojne miješane talijansko-hrvatske posade. Na području pod njemačkom okupacijom osnovana je i Civilna garda, koje je zadaća bila zaštita javnoga reda, ali je prije svega osnovana kao protupartizanska postrojba. Tijekom rujanskoga ustanka istarskih Hrvata te preuzimanja gradova, garnizona i vojarni uhićeni su brojni fašisti (Talijani i Hrvati). Oni kojima se nije mogla dokazati krivnja, pušteni su kućama, a ostali su na temelju svjedočenja bili brzo osuđeni i pogubljeni.

Privremeni pokrajinski NOO za Istru imao je zadatak stvoriti mrežu odbora koji bi nakon kapitulacije Italije pokrivali slobodni teritorij Istre. Stvaranje te mreže nije uspjelo, jer je u listopadu 1943. počela njemačka ofenziva Wolkenbruch (Prolom oblaka, tzv. Rommelova ofenziva), koja je uzrokovala raspad mreže NOO-a i oseku ustanka. Tijekom ofenzive i neposredno nakon nje u Istri je ubijeno oko 3000 pripadnika pokreta i civilnoga stanovništva. Strateška je važnost Istre i Hrvatskoga primorja za Nijemce bila velika, posebice u doba tada moguće savezničke invazije. Zbog toga su Nijemci, po naredbi samoga Hitlera, nakon kapitulacije Italije Istru podredili svojoj vlasti i pod imenom Operativna zona Jadransko primorje, Operativno područje (Operationszone Adriatisches Küstenland) uklopili u Treći Reich kao vojno-političko područje od posebnoga značenja. Do 1945. istarski su gradovi bili u rukama Nijemaca koji su zadržali i svojim interesima podredili talijansku upravu i zatečeno činovništvo. Vjerni Nijemcima ostali su oni fašisti koji su pristupili Mussolinijevoj Socijalnoj Republici (Repubblica Sociale di Salò). Nakon ofenzive pojavili su se prvi ponovno stvoreni i preustrojeni NOO-i, organizacije NOP-a, SKOJ, USAOH, AFŽ i vojne postrojbe. Funkcioniranje podvojene njemačko-talijanske i hrvatsko-partizanske vlasti glavno je obilježje političkog života u tim ratnim godinama. Pokrajinski NOO nakon njemačke je ofenzive provodio kadrovske, a potom i organizacijske promjene te 23.I.1944. postao Oblasni NOO za Istru.

Zdravstveno stanje u Istri bilo je vrlo teško, jer nije bilo ni liječnika ni lijekova, osim u okupiranim gradovima. Iznošenje sanitetskoga materijala iz gradova bio je najveći problem. Kulturni i prosvjetni rad u ratu bio je vrlo otežan. Zbog važnosti takva djelovanja poduzete su izvanredne akcije okupljanja kadrova i njihova osposobljavanja za rad. Primarna zadaća kulturno-prosvjetnih odjela NOO-a bilo je organiziranje nastave na hrvatskom jeziku. Nakon listopadske ofenzive 1943. i poslije, početkom 1944., počele su se neorganizirano otvarati partizanske škole, a priređeno je 11 tečaja za osposobljavanje hrvatskih učitelja. Čitanjem partizanskih novina saznavalo se o događajima u drugim hrvatskim krajevima i o ukupnoj vojnoj situaciji, što je znatno podizalo moral stanovništvu. Još u ožujku 1943. Privremeno partijsko rukovodstvo za Istru odlučilo je pokrenuti Glas Istre, kojega je prvi broj izišao ljeti 1943. U prosincu 1943. počeo je izlaziti list na talijanskom jeziku Il Nostro Giornale. Propodjel Oblasnoga NOO-a u Istri je izdao brojne novine na hrvatskom i talijanskom jeziku u dvjema ilegalnim tiskarama.

Iako se vodila briga o etničkom sastavu stanovništva, kako se Talijani ne bi osjećali građanima drugoga reda, partizanska vlast nije uvijek uspijevala voditi politiku ravnopravnosti, posebice u onim krajevima gdje su Talijani činili većinu. Razlozi su prije svega u tome što se pokret već 1943. vrlo jasno opredijelio za pripojenje Istre Hrvatskoj, odnosno budućoj jugoslavenskoj državi, i što je već od sredine 1944. vrlo jasno pokazivao usmjerenost k onim socijalnim reformama koje su vodile sovjetizaciji društva i gospodarstva. Talijanskom su građanstvu i dijelu talijanskih komunista te opcije bile neprihvatljive. Stoga je novačenje Talijana u partizanske jedinice u nekim gradovima zapadne obale bilo posebno teško. Njihov je odlazak u NOP postao masovniji tek u proljeće 1944. Operativni štab za Istru u veljači 1944. osnivao je vojnopozadinske postaje i zapovjedništva mjesta, te zapovjedništva vojnih područja. Tijekom travnja 1944. preustrojena je 1. brigada »Vladimir Gortan«, a onda i Odred »Učka«, koji je u kolovozu prerastao u 3. brigadu, ali su te jedinice tada bile izvan Istre. Krajem kolovoza 1944. osnovana je i 43. istarska divizija, što je nesumnjivo središnji događaj u vojnoj organizaciji pokreta otpora u Istri. Već 4.IV.1944. osnovan je talijanski bataljun »Pino Budicin«. Time je Operativni štab za Istru ispunio očekivanja i dovršio svoj posao u organizaciji partizanske vojske.

Novo razdoblje ratovanja u Istri, od jeseni 1944. do oslobođenja 1945., uvjetovano je europskim ratnim prilikama, vojnim operacijama na bojištima te promjenom odnosa snaga zaraćenih strana. U okviru završnih vojnih operacija IV. je armija izvela složenu akciju, kojom su oslobođeni Istra, Trst i Slovensko primorje. Neposredne borbe za oslobođenje Istre otpočele su 20.IV., a završile 8.V.1945.