Mletačka i austrijska Istra u XVI. st. Mletačko-austrijski sukobi u prvoj polovici XVI. st., tijekom Rata Cambraiske lige, opustošili su polja, oštetili mnoge gradove te imali teške političke, gospodarske i demografske posljedice. Tijekom rata, 1510. osvojena je i razorena utvrda Rašpor na Buzetskom krasu, sjedište rašporskoga kapetana. Početkom XVI. st. nastavljaju se osmanlijski prodori u sjeverne dijelove poluotoka (npr. 1501. i 1511.). Praćeni pljačkom, upadi su negativno djelovali na stanje u mletačkom dijelu Istre. Polovicom XVI. st. javljaju se luteranske ideje (Matija Vlačić Ilirik, Baldo Lupetina, Pietro Paolo Vergerio ml., Stipan Konzul Istrijan). Mletački je posjed u više navrata bio pogođen epidemijama. Epidemije kuge, zabilježene još od rimskog doba, dovodile su do velike smrtnosti, a time i do zapuštanja obradivih površina. Epidemije malarije bile su česte, a pogodovale su im močvare nastale na neobrađenim površinama.

Kolonizacija Istre bila je trajan proces. U prvoj polovici XVI. st. hrvatske su obitelji naselile okolicu Grožnjana, Tar, Barban, Muntrilj, Sv. Ivan od Šterne, Sv. Lovreč Pazenatički, Buje, Umag i Pulu, te utemeljile Novu Vas i Rovinjsko Selo. Najvažnija kolonizacijska struja u XVI. st. vezana je za dolazak seljaka iz okolice Bologne na područje Puljštine (1560.–67.). To je naseljavanje provedeno u okviru djelovanja providura za neobrađena dobra (Provveditori sopra i beni inculti), upravnog organa što ga je osnovao 1566. senat za rad na bonifikacijama i obrađivanju zapuštenoga zemljišta na području Mletačke Republike. Puljština (nikada ne i cijela mletačka Istra) u njegovu je nadležnost dospjela slučajno, na temelju posebne zamolbe zagovornika bolonjske kolonizacije (Zuan'Antonio Dell’Oca). Njihovi zastupnici trebali su doći na Puljštinu i pripremiti dolazak, a bolonjski su poduzetnici obećali o vlastitom trošku doseliti 124 seljačke obitelji, meliorirati zemljište, popraviti stare i iskopati nove bunare te uvesti u Istru do tada nepoznate agrotehničke mjere. I senat, i providuri za neobrađena zemljišta, i vijeće puljskih nobila odobrili su većinu zahtjeva bolonjskih poduzetnika. Prema sastavljenom izvješću, stručnjaci su izmjerili oko 4.005 ha obrađenog (7,16%) i 51.472 ha (92,84%) neobrađenog zemljišta. Međutim, Puljani su se suprotstavili doseljavanju Bolonjaca pa je plan doživio neuspjeh, iako je to najbolje dokumentirana epizoda kolonizacije, iz koje se vidi s kakvim su se teškoćama susretale doseljeničke skupine u Istri. Nakon neuspjelih pokušaja naseljavanja Malvazijaca, Nauplijaca i Ciprana, uslijedilo je nekoliko kolonizacijskih valova iz Dalmacije. U sklopu njih je 1585. utemeljena Premantura, najjužnija istarska ruralna aglomeracija, koja je najveći mletački kolonizacijski uspjeh.

Tijekom rata Cambraiske lige Pazinska knežija pretrpjela je velika razaranja, a 1510.–11. zahvatila ju je epidemija kuge. Godine 1532. za 26.000 rajnskih fiorina prodana je feudalnoj obitelji Mosconi, koja je dobila civilnu i kaznenu jurisdikciju nad podložnicima te patronat nad crkvama i pripadajućim im povlasticama. Poticala je naseljavanje hrvatskog stanovništva, uglavnom prebjega iz Dalmacije i zapadne Bosne. Kao odgovor na povećani feudalni pritisak, 1570. izbila je seljačka buna u kojoj je sudjelovalo oko 2000 podložnika. Prema glavnom urbaru iz 1498., koji je na snazi ostao sve do 1578., seljaci su davali desetinu žita, vina, janjaca, a za blagdane i posebna novčana i naturalna podavanja. Neke su daće općine davale prema svojim mogućnostima (gospodarski i demografski najjača bila je općina Gračišće, znatno vitalnija i od Pazina). Najveći su se posjedi nalazili u središtu Knežije (oko Pazina, Lindara i Gračišća), a najmanji nešto sjevernije (oko Zamaska, Butonige, Vranje i Bresta). Obradive su površine bile neravnomjerno raspoređene i uglavnom su se nalazile u rukama malobrojnih plemićkih obitelji koje su zapuštale njihovo obrađivanje. Kada je 1596. nadvojvoda Ferdinand objavio izmjene urbara, novčane i naturalne daće povećale su se za 15% do 25%. Seljaci i župani ustali su protiv toga, a borba se nastavila u XVII. st. Sukobi su izbijali i duž mletačko-austrijske granice, najčešće zbog nepodijeljenoga zemljišta (diferencije). Reformatorske ideje (reformacija) u Pazinskoj knežiji nisu naišle na odjek kakav su imale u mletačkoj Istri. Habsburška Monarhija bila je jedan od najjačih čuvara katoličke vjere u Europi pa je nadvojvodina vlast nastojala spriječiti širenje novoga vjerskog nauka. Ipak, bilo je svećenika iz Pazina, Gračišća i nekih drugih naselja u Knežiji koji su se 1563. dogovorili s buzetskim svećenikom S. Konzulom Istrijanom o prevođenju Biblije na hrvatski jezik.

Mletačka i austrijska Istra u XVII. i XVIII. st. Potkraj XVI. st. uskoci su počeli napadati i pljačkati istarske gradove, a sve učestaliji napadi doveli su do izbijanja pravog ratnog sukoba (Uskočki rat, 1615.–18.). Senat je u Istru 1629. poslao rašporskoga kapetana i vojnog inženjera grofa Marcantonija Poianu, a zatim je za utvrđivanje Pule angažirao francuskog inženjera Antoinea De Villea. Iz Venecije se preko brodova proširila najjača kužna epidemija u istarskoj povijesti (1629.–33.). Često su se donosile uredbe o melioraciji pojedinih zemljišta, reguliranju vodenih tokova, čišćenju cisterni, fontana i gradskih ulica. Među najuspjelije pothvate čišćenja zapadnoistarskih gradova ubraja se onaj rašporskoga kapetana Andree Contarinija (1623.–25.), koji je predlagao da se u hladnije godišnje doba očiste Pula, Novigrad i Poreč. Oni su uređeni, ali učinak nije bio dugotrajan. Značajni su i planovi oko melioracijskih radova u porečkoj i rovinjskoj luci (1680.–81.). Za uprave mletačke obitelji Flangini, koja je austrijski posjed u Istri kupila za 350.000 forinti, 1653. došlo je do sukoba seljaka Pićanštine s ubiračima zaostalih poreza koje su seljaci dugovali prijašnjoj upravi. Kada su upravitelji nasilno htjeli naplatiti porez, 3000 okupljenih seljaka tomu se žestoko usprotivilo. Onodobno je istarsko društvo obilježeno pojavom razbojništva, koje je najbolje proučeno na području Poreštine, ali ga je bilo i u drugim dijelovima poluotoka. Treba ga povezati sa siromaštvom u kojem se Istra tada nalazila, jer je život na društvenom rubu najčešće vodio u razbojništvo. U Istru su tijekom XVII. st. i dalje dolazili doseljenici iz hrvatskih krajeva, Dalmacije i s otoka, također i pridošlice iz Furlanije (najviše iz Karnije), Veneta i Marka. Na lokalitetu Sv. Martin, nedaleko starog Nezakcija, osnovali su 1647. Valturu. Postojale su dvije etničke migracijske struje – hrvatska i talijanska – dok su naseljavanja ostalih etničkih skupina (npr. Crnogoraca koji su 1657. naselili opustjelo katoličko selo Peroj) bila malobrojna i nisu utjecala na etničku strukturu Istre. Svi su gradovi, osim Rovinja, XVI.–XVIII. st. gubili stanovništvo. Krizom je najteže bila pogođena Pula, koju tadašnji izvori nazivaju gradom-mrtvacem (città cadavero) i u kojoj je odnos između broja rođenih i broja umrlih bio toliko nepovoljan da bi potpuno prestala postojati da nije bilo neprekidnog useljavanja novoga stanovništva. Karakteristična epizoda organizirane kolonizacije Puljštine bilo je naseljavanje hajduka 1671.–75. Pravnu vrijednost njihovih zahtjeva, sastavljenih u posebnom podnesku (tzv. Barbarovi kapituli) nakon obilaženja Istre, zanijekao je odmah na početku pregovora rašporski kapetan Lunardo Marcello, koji ih je smatrao opasnima, a tražene ustupke neprihvatljivima za interese države. U Pulu je tada ipak došlo 630 hajduka koje je mletačka vlast nastojala prisiliti da sami počnu proizvoditi sredstva za život. No, kada se u ljeto 1671. širila epidemija groznice, hajduci su počeli napuštati grad i vraćati se u staru postojbinu. Sukobi sa starosjediocima, koji su branili zemlju od koje su živjeli i suprotstavljali se njezinu oduzimanju, još su se više razbuktali, a temeljili su se na razlikama u načinu života i temperamenta, bahatu ponašanju hajduka i njihovu pogrješnom uvjerenju da im kapituli osiguravaju povlašteni položaj. Hajduci su po običajima, vjeri, međusobnim odnosima i sklonosti nasilju bili vrlo različiti od žitelja Puljštine. Bili su strano tijelo u društvenom i gospodarskom sustavu tadašnje Iste. Vijesti o njima 1676. potpuno nestaju. Kolonizacijama je hrvatski etnički element u Istri postao dominantan i u onim područjima u kojima je do tada bio u manjini. Etničke promjene koje su ga ojačale najnaglašenije su bile u Puli. Mnogobrojni negativni čimbenici, trajno nazočni na istarskom području, onemogućavali su populacijsku revitalizaciju pokrajine (1741. mletački dio imao je oko 70.000 stanovnika). Gospodarski zamah otežavalo je postupno gubljenje položaja Venecije kao pomorske i trgovačke velesile na Sredozemlju zbog čega su i mletačke luke na istarskoj obali postale beznačajne.