Rani srednji vijek. Propašću Zapadnorimskog Carstva (476.) u Istri se društveni odnosi nisu bitno mijenjali u iduća tri stoljeća, premda je doseljavanjem Slavena i (u manjoj mjeri) Germana došlo do promjena u etničkoj strukturi stanovništva i premda su se smjenjivale vlasti Bizanta (Ravenski egzarhat) i germanskih kraljevstava (Ostrogoti do 538., Bizant do 751., Langobardi do 774. i nanovo Bizant). Na sjevernojadranskom priobalju Slaveni se prvi put spominju sredinom VI. st. za sukoba Langobarda i Bizanta. U savezu su s Avarima potom suzbili Bavarce (596.) te su, prema svjedočanstvu (600.) pape Grgura I., počeli preko Istre provaljivati u Italiju. Uskoro su i Langobardi sklopili mir s Avarima i u suradnji sa Slavenima nanijeli niz poraza (601.–02.) bizantskim (municipalnim) vojskama u Istri. No zbog nekontrolirana priljeva slavenskih doseljenika Langobardi su dogovorili mir s Bizantom i Bavarskom kako bi osigurali istočne granice. Tihom su kolonizacijom Slaveni do sredine VII. st. uspjeli naseliti srednju Istru te postupno doprijeti i do granica gradskih agera na jugu i zapadu poluotoka. To potvrđuju arheološka istraživanja i nastojanja pape Ivana IV. (640.–42.) da otkupi zarobljenike od Slavena u Istri i Dalmaciji i da pred slavenskom opasnošću relikvije istarskih i dalmatinskih starokršćanskih mučenika skloni u Rim. Slaveni su u Istri bili uklopljeni u bizantski pogranični sustav kad su dočekali Franke.

Franačkim osvojenjem Istre (788.) došlo je do sustavnog uvođenja feudalizma, što je osobito pogodilo romansko starosjedilačko stanovništvo i njegov društveni sustav, o čemu svjedoče pritužbe (804.) istarskih posjednika caru Karlu Velikom (Rižanska skupština). Te pritužbe svjedoče kako su Slaveni kod franačkog vojvode Ivana u Istri uživali poseban status, jer im on nije zemlju samo sporadično dodjeljivao, već ih je i planski kolonizirao na općinske (pretežno neobrađene) zemlje gradova pružajući im u početcima kolonizacije i novčanu pomoć (trogodišnju crkvenu desetinu). Riječ je o Slavenima čakavskog jezičnog izričaja (Hrvatima), koji su u srednjoj Istri demografskim priljevom u tolikoj mjeri brojem porasli da je postojala potreba njihova širenja i na slobodne zemljišne čestice istarskog zapadnog i južnog priobalja. Unutarnjim su se migracijama vjerojatno pridružili i čakavci kvarnerskog priobalja i njegova zaleđa, jer je potkraj VIII. i tijekom IX. st. Istra, kao i ostale hrvatske zemlje, bila pod vrhovnom vlašću Franačke (potvrđeno Ahenskim mirom 812.), pa je i fluktuacija ljudi bila slobodnija u odnosu na vrijeme potpune emancipacije Hrvatske (početkom X. st.). Razdoblje je franačke vlasti u Istri bilo i vrijeme kada su rasli ugled i moć crkvenih i svjetovnih velikaša, koji su sve snažnije utjecali i na upravu gradova.

Razvijeni srednji vijek. Za Istru je važno bilo njezino izdvajanje iz Italskoga Kraljevstva i pripojenje Svetomu Rimskom Carstvu Njemačkoga Naroda, odnosno vojvodstvima Bavarskoj (952.) i Koruškoj (976.), te osnivanje Istarske markgrofovije (polovica XI. st.). Do tada je izvan područja vlasti njemačkih feudalnih gospodara bila istočna Istra (sjeverno od Raše), koja je pripadala Hrvatskoj. Slabljenju centralne vlasti pridonosili su upravo markgrofovi (Weimar-Orlamünde, Eppenstein, Spanheim, Andechs-Meran), koji su upravu Istre prepuštali svojim namjesnicima. I crkveni su dostojanstvenici vojno štitili svoje posjede i upravljali uz pomoć moćnih plemića (advocatus). Međusobno se sporeći oko granica svojih jurisdikcija i crkvene desetine, biskupi su se oko vlasništva i granica nad pojedinim feudima istovremeno sukobljavali i sa samostanima i sa svjetovnim posjednicima. Premda im je kratkoročno uspijevalo proširiti svoja imanja, s vremenom su ona prelazila u vlasništvo njihovih advokata, a Akvilejskomu patrijarhatu nakon upornih je pokušaja uspjelo nametnuti im ne samo crkvenu jurisdikciju već i vrhovnu vlast. Feudalna je anarhija omogućila prisvajanja i stvaranje privatnih kneštava (njem. Grafschaft, npr. grofova Goričkih, gospode Devinske i dr.) i gospoštija (njem. Herrschaft, npr. Prampergera, Krottendorfera, Waltersteina i dr.), ali i postupno oslobađanje od feudalne vlasti i utjecaja biskupa u gradovima u kojima se gradila komunalna samouprava. No onoliko koliko je slabila kontrola pokrajinskih vlasti nad gradovima, toliko je za njih raslo zanimanje Venecije (Mletačka Republika) kao pomorske sile. Početno je savezništvo gradova u njihovu nastojanju da ostvare što širu političku autonomiju u odnosu na središnju vlast Venecija iskoristila za učvršćivanje svoje vlasti nad njima. Kada su komune počele odbijati zaštitničke usluge Venecije stvarajući po potrebi i međusobne saveze (npr. Pula, Izola i Kopar 1145.), Mlečani su ih vojnim intervencijama prisiljavali na poslušnost, namećući im teže uvjete ovisnosti i prisiljavajući ih na nove prisege vjernosti. Za takvih su ratnih pohoda gradovi obično bivali i opljačkani (npr. Pula 1195.). Istarskim je markgrofom u takvim prilikama postao (1209.) akvilejski patrijarh Volfger. Čitavo je XIII. st. potom obilježeno ratovima s Venecijom za istarsku baštinu, nakon kojih su se markgrofovi (patrijarsi), uz godišnju odštetu, mirovnim ugovorima s Mlečanima (1291., 1307.) odrekli svojih prava na izgubljene gradove. Propao je i pokušaj da se kontrola nad Pulom zadrži oslanjanjem na njezinu najmoćniju obitelj (Castropola). Veneciji je uspjelo 1331. protjerati Castropole te preuzimanjem Pule ostvariti nadzor i nad južnom Istrom. Kopar je bio posljednji grad koji se pokušao (1348.) osloboditi mletačke vlasti. Gubitci su tih dviju najmoćnijih istarskih komuna bili presudnim događajima za cjelovitost Istarske markgrofovije. Zapadno-istarska je obala trajno ušla u sastav mletačkog imperija.

U razvijenom srednjovjekovlju Hrvati su bili organizirani u teritorijalne zajednice kojima su na čelu stajali birani župan, podžupan i satnik te po nekoliko sudaca ili članova vijeća, ovisno o veličini zajednice. Vijesti o županijskoj organizaciji u Istri potječu već s kraja XII. st. (npr. prilikom sklapanja sporazuma 1199. između Barbana i Pule spominje se i župan Držiha iz Gračišća). U idućim stoljećima dokumenti svjedoče nazočnost župana ne samo u unutrašnjosti nego i na čelu komunalnih zajednica na istočnoj obali Istre (npr. Labina). Nije ih bilo jedino u gradskim zajednicama antičkoga naslijeđa na zapadnoj obali. Feudalni društveni ustroj dovršen je tek nakon konačnog rješenja granice prema Hrvatskom Kraljevstvu. Kada je markgrofovima iz kuće Weimar-Orlamünde uspjelo granicu s Raše pomaknuti na Rječinu (potkraj XI. st.), utvrde na istočnim obroncima Učke (Plomin, Lovran, Veprinac, Kastav, Žejane, Mune itd.) preuzele su graničarsku ulogu, koju su do tada imale tvrđave srednje Istre. Time se promijenio i položaj povlaštenih slojeva stanovništva tog dijela Istre pa su oni do XIV. st. na novim vlastelinstvima Schwarzenburga, Goričkih i Devinaca dospjeli u stanje različitih oblika feudalne podložnosti. Gradsko je stanovništvo zapadnog priobalja već u X. st. bilo prisiljeno prihvaćati istaknute službenike svjetovnih i crkvenih vlasti u svoje redove. Miješanjem tih pridošlica s uglednim gradskim obiteljima stvarao se sloj prvaka (maiores) iz kojeg su se birali namjesnik (locopositus), zaštitnik puka (advocatus populi) i prisjednici (scabini) grada s različitim upravnim, vojnim i sudbenim ovlastima. Taj sustav uprave autohtonom gradskom stanovništvu nije bio novost, jer se u velikoj mjeri oslanjao na tradicije rimskog i bizantskog municipalnog ustroja. Već sredinom XI. st. nestale su funkcije prisjednika pa su se umjesto njih pojavili suci (iudices), a potom i kaštelani kao autonomni gradski službenici. Gradske su se vlasti od početka XII.st. u značenju autonomne općine sve češće umjesto pojmom civitas koristile nazivom communa. Kada bi im uspjelo u većoj mjeri osloboditi se neposredne vlasti biskupa ili grofova, birali bi upravne i sudbene konzule (consules communis i consules de placitis ili pro iustitiis), koje su tijekom druge polovice XII. st. zamijenili novi činovnici – podestati. Njih su građani u pravilu birali među strancima, a služba im je trajala točno određeno vrijeme, čime se nastojalo osigurati nepristranog upravitelja sa širokim upravnim i sudbenim ovlastima. Kako su Mlečani preuzeli kontrolu nad kojom komunom, tako su joj nametali i obvezu biranja podestata među patricijima Venecije. No njih su ipak nadzirali suci i savjetnici komuna bez čijih privola podestati nisu mogli donositi važnije odluke. To je tijelo na početku XIII. st. preraslo u Malo ili Povjerljivo vijeće (consilium credentie), a uz njega je po potrebi sazivano i Veliko ili Pučko vijeće (consilium maius) komune. Jednostavna se ranosrednjovjekovna društvena diferencijacija gradskoga puka (cives maiores i cives minores) s vremenom razvila u općepoznati tip komunalnog društva.

Kasni srednji vijek. Bez obzira na poraz koji je Venecija 1358. doživjela u ratu s hrvatsko-ugarskim kraljem Ludovikom I. Anžuvincem, mletački je dominij u Istri ostao netaknut. No već je u sljedećem velikom ratu (1378.–81.), u kojem su Đenovi saveznicima bili istarski markgrofovi i kralj Ludovik I., mletačka Istra jako stradala. Nakon tog rata Venecija je vješto iskoristila borbe za hrvatsko-ugarsko prijestolje kako bi opet ostvarila kontrolu nad istočnom obalom Jadrana. Kupovinama, nizom manjih vojnih akcija (1394.–1418.) te pobjedonosnim ratovima (1410.–11. i 1420.–21) protiv kralja Sigismunda Luksemburgovca i istarskih markgrofova (patrijarha) zadobila je strateški važne utvrde i gradove u sjevernom i istočnom dijelu Istre (Rašpor, Milje, Buzet, Kaštel, Labin, Plomin i dr.) te gotovo u cijelosti obnovila vlast nad Dalmacijom kakvu je imala prije Zadarskog mira (1358.). Markgrof Ludovik Scarampo Mezzarota konačno se odrekao (1445.) svoje istarske državine i izgubljenih teritorija Akvilejske crkve u korist Mletačke Republike uz godišnju odštetu od 5000 dukata, čime je dužd nominalno postao istarskim markgrofom. Napetosti između vlasnika (od 1374. Goričke, a od 1466. Wallseeovce naslijedili su Habsburgovci) ostataka austrijske Istre (Istarska i Pazinska knežija) i Mlečana dosegnule su vrhunac tek za nasljednika cara Fridrika III., Maksimilijana Habsburškoga. Tada je između Cambraiske lige i Venecije (1508.–23.) izbio rat iz kojega je Venecija nanovo izašla kao pobjednica i s novim teritorijalnim dobitcima u Istri (gospoštije Rakalj/Barban, Momjan, Završje i Račice). U obama su tim ratovima, kao i u Uskočkom ratu (1615.–18.), hrvatski vladari i njemački carevi nastojali strategijom Ludovika I. Anžuvinca (vojnim prodorom do same Venecije) uništiti Mletačku Republiku, pa su se stoga i vojne operacije velikim dijelom odvijale na istarskom području. Posljedice su tih ratova u gospodarskom i demografskom smislu za Istru bile katastrofalne, pa ne čude nastojanja obiju strana da opustošena zemljišta napuče novim stanovništvom.

Uz ratna razaranja gradova i sela remetilački su čimbenici u demografskom smislu bile i epidemije kuge (u XIV. st. 12 puta, u XV. st. 14, a u XVI.st. 16 puta), potom od kraja XV. st. i endemične malarije u dijelovima gradova na zapadnoj obali (Pula, Poreč, Novigrad, Piran) te prirodne nepogode (oštre i duge zime, tuča i snažne ljetne oluje) koje su potkraj XV. i tijekom XVI. st. izazivale nerodice i godine gladi. Austrijske i mletačke vlasti stoga su tijekom XV. i XVI. st. ustrajno provodile kolonizaciju opustjelih dijelova Istre stanovništvom koje je mahom dolazilo s prostora koji su trpjeli osmanski vojni pritisak (u najvećem broju iz Hrvatske, Dalmacije, Hercegovine i Bosne, te u manjoj mjeri iz Crne Gore, Albanije i mletačkih stečevina na području propaloga Bizanta – npr. Nauplije, Malvazije i Cipra) ili omanjim skupinama i pojedincima s prostora Italije (Veneta i Furlanije) i austrijskih zemalja (Karnije i Kranjske). Kao što su mletačke vlasti privlačile doseljenike davanjem povlastica, tako su ih i austrijski nadvojvode mamili povlasticama oslobađanja od feudalnih davanja na određeni rok.

Mlečani nisu mijenjali naslijeđene upravne sustave, koji su se na njihovu području Istre dijelili na gradove s višim stupnjem municipalnog uređenja, mjesta gradskog tipa (kašteli i terre) s ograničenim autonomijama, sela (ville) s djelomično očuvanom starohrvatskom samoupravom te feudalne posjede. Jedinstvo vojne vlasti ostvareno je u funkciji načelnika Kopra kao zapovjednika gradskih posjeda i posebno imenovanih kapetana s vojnim ovlastima nad seoskim područjem (paisenaticus) sa sjedištima u Sv. Lovreču (za područje do rijeke Mirne) i Grožnjanu (za područje između Mirne i Kopra). Obje su kapetanije ukinute i ujedinjene nakon što se Venecija domogla utvrde Rašpor (1394.). U ratu s Austrijom Rašpor je porušen (1513.), pa je rašporski kapetan premješten u Buzet. Ni austrijski dio Istre nije imao jedinstvenu upravu, već se sastojao od niza vlastelinstava (Pazinska knežija, gospoštija Lupoglav, Kožljak, Kršan, Grdoselo i Paz, te pavlinski samostanski posjed Sv. Petar u Šumi te posjed biskupa u Pićnu) i manjih nadarbina. Neposrednu su civilno-vojnu upravu nad tim dijelom Istre Habsburgovci povjeravali posebno imenovanom kapetanu, koji je prije i nakon cara Fridrika III. u pravilu bio i zakupnim vlasnikom Pazinske knežije. Kako su takvi kapetani/vlasnici zahtijevali ubiranje dodatnih nameta, izazivali su negodovanja, ali i otvorene pobune (1409. i 1571.) svojih podložnika (seljačke bune).