Hrvatski državni arhiv u Zagrebu (HDA), središnji arhiv Republike Hrvatske. Čuva gradivo s područja Istre, ugl. važno razdoblje II. svj. rata, ono iz arhivskih fondova središnjih drž. tijela nakon 1945., te dio gradiva koje je nekoć bilo u Arhivu Instituta za historiju radničkoga pokreta Hrvatske u Zagrebu. U fondu Zemaljske vlade, Odjel za unutarnje poslove, nalazi se i gradivo Odsjeka za Istru, osnovanoga 1919., koji je bio ovlašten za poslove na području Istre dok se ne riješi pitanje njezine pripadnosti. Očuvani su izvještaji vladinih povjerenika i obavještajnih tijela o stanju u Rijeci i Istri. 

Fond ZAVNOH-a sadržava podatke o partiz. pokretu i antifaš. vlasti na području Istre. Fond Zemaljske komisije za utvrđivanje zločina okupatora i njegovih pomagača (1945-48) sadržava podatke i za Istru. Vrijedni su fondovi okružnih i kotarskih Saveza antifašističke omladine Hrvatske, NOO-a, tijela SKOJ-a, JNOF-a, AFŽ-a te CK KPH, posebno za ratno razdoblje (1941-45), s izvješćima o stanju u Istri, zatim Oblasnoga komiteta KPH za Istru (1943-45), okružnih i kotarskih komiteta KPH, OK KPH za Hrvatsko primorje (koji je vodio djelatnost KPH u Istri do 1943., kada je osnovano Privremeno partijsko rukovodstvo za Istru), Oblasnoga komiteta KPH za Istru (1943). U zbirci periodike 1941-45. čuvaju se listovi koji su izlazili na području Istre, a u zbirci memoarskoga gradiva sjećanja o ratnom razdoblju. Djelomično je očuvano i gradivo Komisije za istarska pitanja pri Predsjedništvu vlade NR Hrvatske (1945) te Direkcije za novooslobođene krajeve pri Predsjedništvu vlade NR Hrvatske (1949-51). Za pitanje razgraničenja s Italijom vrijedno se gradivo čuva u Komisiji za razgraničenje pri Predsjedništvu vlade NR Hrvatske (1945-47). Zanimljivi su fondovi Građevinske direkcije Ministarstva građevina NR Hrvatske za Istru (1947), Vojne uprave JA za STT i Suda vojne uprave JA za Julijsku krajinu, Istru, Rijeku i Slovensko primorje. U HDA čuva se gradivo Lučkog admiralata Pula (1851-85), koje je Austrija predala na temelju arhivskoga sporazuma iz 1923. Od osobnih arhivskih fondova posebno je važan onaj zastupnika V. Spinčića, s njegovom korespondencijom 1867-1931. U HDA čuvaju se preslici fondova Državnoga arhiva u Trstu: Vlada za Primorje u Trstu (REGIO GOVERNO PER IL LITORALE IN TRIESTE, ATTI PRESIDENZIALI, ATTI GENERALI,1814-50), Vlada za Primorje i Namjesništvo za Primorje u Trstu (Regio Governo per il Litorale i Regio Luogotenenza per il Litorale in Trieste, 1850-1923), Namjesništvo za Primorje u Trstu (REGIA LUOGOTENENZA PER IL LITORALE IN TRIESTE, ATTI PRESIDENZIALI, 1850-1918), Pomorska vlada u Trstu (Regio Governo Marittimo in Trieste, 1850-1923), Vrhovna trgovačka uprava za trgovinu Primorja u Trstu (SUPREMA INTENDENZA COMMERCIALE IN TRIESTE PER LA PROVINCIA MERCANTILE DEL LITORALE IN TRIESTE, 1748-76), Katastar Istre (Fondo Catastico Franceschino) iz XIX. st. i dijelom katastarski planovi i elaborati.