Knjižnica Povijesnog i pomorskog muzeja Istre je specijalna knjižnica zatvorenog tipa koja služi za potrebe djelatnika Muzeja, a sadrži stručne i publicističke knjige pretežno povijesne tematike, te stručne kataloge. 

Knjižnica broji sveukupno 4.216 jedinica knjižne građe koju nadopunjuje otkupom potrebne povijesne literature te razmjenom stručnih kataloga sa srodnim muzejskim ustanovama. Pohranjuje i medicinske knjige tiskane u drugoj polovici XIX. i prvoj polovici XX. st., preuzete s ostalim inventarom iz spomen sobe nekadašnje Mornaričke bolnice. Najstarija knjiga je Slava Vojvodine Kranjske (Die Ehre dess Hertzogthums Crain), Johanna Weicharda Valvasora iz 1689. godine, a izdvajaju se i Antiquites of Pola in Istria, London 1819. autora Thomasa Allasona, Petar Stanković, Biografia degli uomini distinti dell´Istria, Capodistria, 1888., J.Löwenthal, Der Istrianer Kreis, Wien, 1840., Alfred Freiherr v. Koudelka, Unsere Kriegsflotte 1556-1908, Laibach, 1908., Almanach für die k.u.k. Kriegs - Marine, Pola (godišnjak austrougarske Ratne mornarice; godišta: 1895, 1898, 1899, 1903, 1906, 1909, 1913, 1915-1918).