Tajni vatikanski arhiv (tal. Archivio Segreto Vaticano), crkveni arhiv koji je papa Pavao V. (1605-21) osnovao ujedinjavanjem arhiva koji su se čuvali u pojedinim vatikanskim uredima. U Vatikan je iz Avignona 1783. prenesen posljednji dio gradiva, a 1798. preseljen je i Arhiv iz Anđeoske tvrđave. Otada svi vatikanski uredi - osim Kongregacije za nauk vjere (nekada Sveti oficij), Svete Penitencijarije i Kongregacije za širenje vjere (De Propaganda Fide, Arhiv kongregacije De propaganda Fide) - odlažu svoje zapise u Vatikanski arhiv. 

Papa Lav XIII. otvorio ga je javnosti. Sljedeći pape produžili su rok dostupnosti, tako da je danas Arhiv dostupan za gradivo nastalo do 1927. Za povijest istarskih biskupija (Novigrad, Kopar, Poreč, Pićan, Pula, Trst) najvažniji su fondovi i serije Apostolske kancelarije (Registra Vaticana, 872-882., 1073-85. i 1198-1605., 2041 sv.; Registra Avenionensia, 1316-1415., 350 sv.; Registra Lateranensia, 1389-1897., 2496 sv.), Apostolske komore (Introitus et exitus, 1279-1524., 565 sv.; Obligationes et solutiones, 1295-1509., 91 sv.; Collectoriae, 1337-1410., 504 sv.; Cameralia, 1389-1572., 253 sv.; Indulgentiae, 1470-1796., 222 sv.). Važan je Konzistorijalni arhiv: Kongregacija zbora, Kongregacija za biskupe, Kongregacija koncila, Kongregacija obreda, Kongregacija sakramenata, sudište Svete Rimske Rote, Signature i Apostolske datarije. Tu su informativni procesi (Processus informativi, 250 sv., istrage i postupci oko izbora i imenovanja biskupa 1563-1905), dokumenti o ustanovljivanju novih biskupija, promjeni granica, ukidanju i sjedinjavanju biskupija te odreknućima biskupa. U fondu Kongregacije koncila vrijedne su serije apostolskih vizitacija (1562-1715), među kojima je i Apostolska vizitacija Valiera dalmatinskim i istarskim biskupijama 1579-80., zatim vizitacije Osora, Krka i Raba (1603), Ljubljane (1620) i Novigrada (1630). Među spisima Kongregacije koncila nalaze se Relationes ad Limina (izvještaji o stanju biskupija): Pićan (1589-1780), Poreč (1588-1871), Pula (1592-1801), Novigrad (1588-1806), Kopar (1606-1801). Slijede Dataria Apostolica: Suppliche originali, Registra supplicationum (prijepisi molbi poslanih papi, nadopunjuju papinska pisma ili svjedoče o onima izgubljenima, 1342-1899., 7365 sv.) i Processus (Processus Datariae) o izboru i imenovanju biskupa 1622-1900. Za pićansku biskupiju ima samo jedan postupak (1630), za pulsku 14 (1655-1778), za porečku 11 (1633-1827), za novigradsku 7 (1655-1793). Arhiv Državnog tajništva čuva nizove Segreteria dei Brevi (1566-1846., 5660 sv.) i Brevia ad principes(1560-1836., 252 sv.), Lettere latine i Memoriali (XVIII-XIX.st.). U Arhivu nuncijatura gradivo za Istru u mlet. razdoblju ima Nuncijatura u Mlecima (1524-1807., 420 sv.), a za austr. dio Istre i za razdoblje nakon 1807. fond Bečke nuncijature (1607-1927., više od 600 sv.). Postoji i Arhiv Okruglog stola (S. Romana Rota) s više od 9000 sv. presuda (decisiones), zapisnika i dr., i Arhiv Vrhovnoga sudišta apostolske signature. Za biskupije u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini sustavno su objavljeni dokumenti Apostolske komore do kraja XVI. st.