Arheološki muzeji i zbirke, muzeološke ustanove koje čuvaju, obrađuju i izlažu arheološku građu, tj. materijalnu kulturu od prapovijesti do početka srednjega vijeka.

Najstarija poznata zbirka arheoloških spomenika u Istri nastala je na početku XIX. st. u Puli kada su svi kameni spomenici (reljefi, skulpture i natpisi) pohranjeni u Augustov hram u obliku lapidarija-spremišta, pa su tako fizički bili zaštićeni.

Pokušaji osnivanja specijalizirane muzejske zbirke tijekom prve polovice XIX. st. nisu imali uspjeha. U drugoj polovici XIX. st. nastajale su u Istri prve privatne zbirke, među kojima je najpoznatija bila ona obitelji Scampicchio u Labinu, darovana društvu Società Istriana di Archeologia e Storia Patria, s obvezom da društvo osnuje arheološki muzej. Osim te privatne zbirke, jezgru su činili nalazi s nekropola Picugi i Beram, pronađeni tih godina.

Pokrajinski arheološki muzej (Museo Archeologico Provinciale), osnovan 1884. u Poreču, jest prvi arheološki muzej u Istri, a bio je privatnoga karaktera, tj. vlasništvo udruge građana. U Puli je tek 1902. osnovan Gradski muzej (Museo Civico), kojemu su jezgru činili bogati mnogobrojni nalazi iz Nezakcija, tako da je imao pretežito arheološki karakter. Uz njega je postojala državna zbirka kamenih spomenika (u Augustovu hramu i u Amfiteatru).

Između I. i II. svjetskog rata u Puli je Gradski muzej postao Kraljevski muzej Istre (Museo dell᾽Istria), građa lapidarija mu je priključena, a pripao mu je i dio građe porečkoga muzeja, koji je tako praktički prestao postojati. Nakon II. svjetskog rata, pulski je muzej nastavio raditi kao Arheološki muzej Istre te je postao glavnom okosnicom razvitka arheologije u Istri.

Porečki muzej ponovno je osnovan kao Zavičajni muzej Poreštine, kompleksnoga tipa. Lapidarij rimskih i srednjovjekovnih spomenika (natpisi i reljefi) te predmeti arheološke materijalne kulture s Poreštine čine glavninu sadržaja arheološke zbirke.

Arheološke zbirke imaju i drugi zavičajni i gradski kompleksni muzeji u Istri: Zavičajni muzej grada Rovinja (lapidarij, numizmatička zbirka, sitni predmeti), Narodni muzej u Labinu (zbirka kamenih spomenika, sitni predmeti), Muzej grada Pazina (zbirka predmeta i kopija predmeta koju je 1984. postavio AMI Pula), Zavičajni muzej u Buzetu (izložbu je postavio AMI Pula 1975), u novije vrijeme i Gradski muzej u Umagu (arheološka zbirka u nastajanju, bogat repertoar povremenih gostujućih izložbi i arheološkog karaktera).

Manji lapidariji, izložbe kamenih arheoloških spomenika postoje osim toga još i u Motovunu (u prolazu renesansnoga bastiona), Roču (u prostoru gradskih vrata) i Novigradu (Muzej Lapidarium, u novouređenoj zgradi). Posebno valja izdvojiti i arheološku zbirku na Brijunima/Brionima, u sklopu ustanove Nacionalnoga parka. Bogatu arheološku zbirku ima Pokrajinski muzej u Kopru, a u Piranu je u sklopu Pomorskoga muzeja »Sergej Mašera« također i manja arheološka zbirka.