Crkveni arhivi, zbirke isprava u vlasništvu crkvenih ustanova, biskupija, župnih ureda i dr.

Važan su izvor za proučavanje crkvene i nacionalne povijesti. Postoje biskupijski, kaptolski, dekanatski, župni i kapelanijski arhivi te arhivi redovničkih zajednica. Zbog vrlo strogih propisa Kodeksa kanonskog prava (Codex iuris canonici) crkveno se arhivsko gradivo uglavnom dobro čuva. Njime se često dopunjuje gradivo građanskih arhivskih ustanova, odnosno ono može poslužiti ondje gdje je arhivsko gradivo građanskih ustanova, pa i cijelih arhivskih fondova za područja okruga, kotareva ili općina, nestalo zbog ratnih pustošenja, elementarnih nepogoda (osobito vatre i vode), krađe, nemarna i neprimjerena čuvanja.

Na području Istre gotovo nema župe kojoj je arhiv u potpunosti sačuvan. Stradao je velik dio gradiva istarskih povijesnih biskupija (Pićanske, Pulske, Porečke, Novigradske, Tršćanske i Koparske). Tako su u požaru stradali arhivi Pićanske i Pulske biskupije. Arhiv Novigradske biskupije još se uvijek nalazi u Trstu. Dobro je očuvan arhiv Porečke biskupije i Porečko-pulske biskupije, koji je smješten u Biskupijskom arhivu u Poreču. U njemu se čuvaju vrlo vrijedni spisi, kao npr. glasovita Crvena knjiga (Liber rubeus), zatim knjige biskupskih prava (Libri iurium episcopalium), koje sadržavaju i prijepise raznih isprava od VIII. st. do kraja XVIII. st., 29 knjiga biskupskih kanonskih vizitacija iz 1600.–1781., u kojima se, iako su nepotpuno sačuvane, oslikava i vjerski i društv. život područja njihova nastanka, te iz istoga razdoblja knjige uprave pojedinih biskupa. Dobro je očuvano i gradivo nastalo djelovanjem porečko-pulskih biskupa nakon pripojenja Pulske biskupije Porečkoj (od 1830). U Državnom arhivu u Pazinu čuva se gradivo nastalo djelovanjem Pulskoga kaptola, a u župnom arhivu u Rijeci gradivo Porečkoga kaptola. Arhivsko se gradivo kaptola u Rovinju, Labinu, Vodnjanu, Dvigradu (Kanfanaru) i Savičenti čuva u arhivima tih župa. U njima se, osim izvornih dokumenata, nalaze i mnogi prijepisi vrlo starih isprava. U Istri ima 12 dekanatskih arhiva. Kako su dekani bili također školski nadzornici, u nekim se dekanatskim arhivima čuva i gradivo za povijest školstva. U većoj ili manjoj mjeri sačuvano je gradivo 106 župa i 7 kapelanija. Nešto se gradiva čuva i u arhivima samostana u Rovinju, Puli i Pazinu.

Župni arhivi sadržavaju matične knjige krštenih, krizmanih, vjenčanih i umrlih, knjige stanja duša, knjige bratovština, misa, nedjeljnih obavijesti, ženidbenih napovijedi, računske knjige i dr. Tri su glavne vrste spisa: opći, ženidbeni i računski. U nekim se arhivima vodi i skupina spisa naslovljena »razno«, i gdjekad su upravo ti spisi vrlo vrijedni izvori za proučavanje župne povijesti. Župni spisi često sadržavaju podatke o gradnjama i obnovama, narudžbama umjetničkih djela za crkvene potrebe, o zbivanjima u zdravstvu, gospodarstvu i o drugim događajima na području župe (o epidemijama i sl.).

U ožujku 2022. Porečkoj i pulskoj biskupiji iz državnih je arhiva vraćeno 390 crkvenih matičnih knjiga koje istarskim župama bile oduzete za vrijeme komunističke vladavine.