Povijest nogometa u Puli seže na sam kraj XIX. st., u vrijeme ubrzanog razvitka grada kao glavne ratne luke Austro-Ugarske Monarhije, koji je imao velik utjecaj ne samo na gospodarski rast nego i sveukupni društveni razvoj Pule.

Doba Austro-Ugarske. Pula u drugoj polovici XIX. st. nije bila samo vojnopomorska baza, već i grad u koji u potrazi za poslom dolaze mladi ljudi iz svih krajeva višenacionalne države i gdje su jedni uz druge živjeli malobrojni domaći stanovnici, brojni novopridošli radnici u Arsenalu te časnici i vojnici na službi u Carskoj i kraljevskoj ratnoj mornarici. U takvom kozmopolitskom okruženju u Puli se osnivaju sportska društva i klubovi, koji su, kao i sve druge društvene djelatnosti, bili obilježeni klasnim, socijalnim i nacionalnim različitostima.

Već u lipnju 1886. mladi Natale Vareton, iz obitelji vlasnika kamenoloma i zemljišta u sjeveroistočnom dijelu pulske luke, okupivši zaljubljenike u sportove na vodi pokreće osnivanje prvog pulskog sportskog kluba Società Nautica Pietas Julia. Iste godine, na drugom kraju pulske luke, u uvali Vargarola, skupina mladića iz pulskih radničkih obitelji osniva nautički klub Serenissima.

Usporedo se osnivaju i razvijaju sportske organizacije austrijskih časnika i činovnika, društva talijanskih građana i imućnih trgovaca, a u Puli uspješno djeluju i hrvatska sportska društva boreći se za nacionalnu jednakost u gradu. Hrvatski sokol, društvo za promicanje tjelovježbe i širenje nacionalne svijesti među Hrvatima i drugim slavenskim narodima, osnovan je u Puli 1897. Društvo na čijem je čelu bio Lacko Križ (zet Matka Laginje), imalo je 130 članova podijeljenih u muški i ženski odjel.

Pulski podestat Lodovico Rizzi u kolovozu 1899. donosi uredbu kojom zabranjuje vožnju biciklima po gradskim ulicama, pa mladi Puljani zaluđeni brzinama već krajem godine osnivaju Veloce Club Polese, prvenstveno biciklistički klub, ali otvoren i drugim sportskim aktivnostima. Jedna od njegovih sekcija bila je i nogometna, pa se može smatrati da je 1899. osnovan i prvi nogometni klub u Puli. Tu godinu možemo sa sigurnošću uzeti kao godinu početka organiziranog igranja nogometa u Puli jer je u kolovozu 1899. Kotarsko poglavarstvo dalo dozvolu za osnivanje sportskog društva Club Iris, koje u svojoj djelatnosti kao najaktivniju i najpopularniju ističe upravo nogometnu sekciju.

No, nogomet se u Puli igrao i prije osnivanja klubova Veloce Club Polese i Club Iris. Najpogodniji prostori za igru krpenjačom (bala de strassa, kako je pulska mularija nazivala loptu ) bile su mnogobrojne livade na kojima će pulski mladići svoj međusobni rivalitet po pripadnosti pulskim kvartovima (Kaštanjer, Monvidal, Barake, Veruda, Šijana, Monte Paradiso, Montezaro...) osim okršajima šakama i kamenjem pokazivati i odmjeravanjem snaga u nogometnim utakmicama.

Prve utakmice po pravilima nogometne igre igrale su se u podnožju brežuljka Montezaro, na Exerzierplatzu, zaravni koja je služila za obuku vojnika na prostoru ispred današnjeg Društvenog centra Karlo Rojc. Snage su odmjeravale momčadi sastavljene od višenacionalnih posada s brodova stacioniranih u glavnoj ratnoj luci Monarhije ili od momčadi pitomaca vojne Strojarske škole (K. u. k. Maschinenschule).

Prvi podatak o nogometnoj utakmici u Puli objavljen je u lokalnom listu Il Giornaletto di Pola od 14.IV.1902., u izvještaju o utakmici odigranoj dan ranije između pulskog Mornaričkog kluba („locale club della marina“) i kluba sastavljenog od igrača iz Ljubljane i Celja („società sportive di Lubiana e Cilli“).

Utakmica se odigrala na igralištu na kojem se danas nalazi pomoćno igralište Gradskog stadiona (nekadašnja Karbonina). Nazvano je Dei sete moreri prema obližnjoj livadi na kojoj su rasla stabla murve (prostor od današnje Ekonomske škole do samačkih hotela). Na tom će mjestu 1912. pulsko sportsko društvo Associazione Sportiva Edera, osnovano u kolovozu 1910., urediti prvo nogometno igralište u Puli. Edera, u kojoj je najaktivniji bio nogometni klub, okupljala je članove iz radničkih slojeva i Puljane sklone socijalističkim idejama.

Nakon tjedna proglašene opće žalosti za ubijenim austrougarskim prijestolonasljednikom nadvojvodom Franjom Ferdinandom, 12.VII.1914. na području Pragrandea otvoreno je u Puli novo nogometno igralište, utakmicom između te godine osnovanog pulskog kluba Olimpia Football Club i Club Sportivo Libertas iz Rijeke. Nazvano je Gambal po istoimenom lokalitetu (Prà di Gambal) na zemljištu koje je pripadalo obitelji pulskih gostioničara Poiani. Dan nakon što je igralište otvoreno, u Puli se provodi mobilizacija vojno sposobnih muškaraca. Krajem srpnja 1914. Austro-Ugarska objavljuje rat Srbiji, a zbog opasnosti za sigurnost države zabranjuje se rad mnogim sportskim društvima i klubovima. Olimpia je jedan od rijetkih klubova koji ne gasi svoju aktivnost te i početkom rata na Exerzierplatzu igra utakmice protiv selekcija bojnih brodova usidrenih u pulskoj luci.

Unatoč zabrani osnivanja novih društava i klubova tijekom rata, 1917. osnovan je u Puli novi sportski klub – Hrvatski nogometni klub Čitaonica. Nakon što je odbijen zahtjev za osnivanjem kluba, osnivač Josip Bazeli podnio je prijavu da je Hrvatska čitaonica osnovala svoj nogometni klub, što je za Kotarsko poglavarstvo predstavljalo gotov čin. Članovi kluba bili su uglavnom mladići iz Premanture, Vinkurana i Medulina.

Doba Italije. Nakon rata, ubrzo po ulasku talijanskih vojnih postrojba u Pulu, već krajem studenog 1918. u kavani Caffè Secession (u današnoj Laginjinoj ulici) okupili su se članovi istarske fašističke mladeži (Fascio Giovanile Istriano) i uz osnivača udruženja Luigija Bilucagliu osnovali novi sportski klub punog naziva Fascio Giovanile Giovanni Grion. Nazvan je po pulskom iredentistu koji je početkom rata dezertirao iz austrougarske vojske, priključio se kao dragovoljac talijanskoj i poginuo u lipnju 1916. te je nakon rata među istarskim talijanskim nacionalistima bio slavljen kao nacionalni junak.

Tek nekoliko dana nakon osnivanja F. G. Grion, početkom prosinca pulski mladići koji se nisu željeli priključiti profašistički orijentiranom Grionu obnavljaju aktivnost Veloce Club Polese i osnivaju klubove prema pripadnosti svojim kvartovima ili prema socijalnom statusu ili nacionalnom određenju. Tako se do kraja 1919. osnivaju ili obnavljaju klubovi Giovani Calciatori Polesi, Calcio Audax, Circolo Sportivo Internazionale Polese, Allievi Sportivi Polesi, Unione Sportiva Primavera...

Na igralištu Dei sete moreri, nekoliko stotina metara udaljenom od igrališta Griona, okupljaju se neistomišljenici s režimski i profašistički orijentiranim grionesima. Puljani iz radničkih slojeva skloni socijalističkim idejama, bivši igrači i simpatizeri Edere, u studenom 1921. obnavljaju aktivnost kluba koji su devet godina ranije ugasile austrougarske vlasti. Svaka će utakmica gradskih rivala Edere i Griona biti i iskazivanje suprotstavljenih političkih opredjeljenja, na terenu među igračima, ali još više u krcatom gledalištu, pa su utakmice u pravilu završavale intervencijom policije radi razdvajanja sukobljenih pristalica klubova.

Svoju posljednju utakmicu najbolji gradski klub A. S. Edera odigrao je u ožujku 1926. nakon što su fašistički jurišnici upali u njegove prostorije i uništili klupsku opremu, a političke vlasti, nakon neuspjelih pokušaja spajanja s Grionom, zabranjuju klubu daljnju aktivnost zbog „neprijateljske i subverzivne djelatnosti“ te gase taj klub pulskih radnika i režimu suprotstavljenih simpatizera.

Grion nakon zabrane aktivnosti Edere postaje najbolji gradski klub. Pulski gradonačelnik i predsjednik Griona L. Bilucaglia uputio je proglas svim građanima Pule da podrže gradnju sportskog centra kako bi sportaši imali idealne uvjete za još veće uspjehe. Projekt stadiona izradio je u gradskom Tehničkom uredu pulski arhitekt Guido Brass.

Nepune dvije godine od početka radova, na 19. godišnjicu Marša na Rim, 28.X.1931. utakmicom Griona i Triestine, uz nazočnost princa od Pijemonta i princeze Marije Josipe, svečano je otvoren Gradski stadion (Campo del Littorio). Stadion je sa središnjom tribinom, natkrivenom statički vrlo zahtjevnom armiranobetonskom konstrukcijom, mogao primiti 8.000 gledatelja. U kompleksu s današnjim Domom braće Ribar (Casa Balilla) sa sportskom dvoranom i igralištem za male sportove te dva teniska igrališta bio je jedan od najmodernijih sportskih centara u Kraljevini Italiji.

Već u prvoj sezoni igranja na novom stadionu, 1932., momčad Griona uspijeva izboriti natjecanje u Serie B talijanskog nogometnog prvenstva, a dvije godine kasnije, u sezoni 1933./34., u istom natjecanju osvaja 6. mjesto, što predstavlja najveći natjecateljski uspjeh pulskog nogometa između dva svjetska rata. Svoju posljednju utakmicu Grion je odigrao u veljači 1945. sa selekcijom njemačkog garnizona.

Tek dvadesetak dana prije oslobođenja grada, u Puli je sredinom travnja 1945. odigrana posljednja nogometna utakmica u vrijeme rata, između selekcije pulskih nogometaša i one njemačkih vojnih postrojbi stacioniranih na Muzilu.

Doba Jugoslavije. Mjesec dana nakon ulaska partizanskih jedinica, 3.VI.1945., odigrala se prva nogometna utakmica u oslobođenoj Puli, u kojoj su se sastali nogometaši pod imenom Antifašističke omladine Pule i momčad koja je nosila ime proslavljenog pulskog nogometaša Alda Fabbra. U predigri susreta na Gradskom stadionu, momčad okupljena pod imenom najstarijeg pulskog nogometnog kluba Iris odigrala je utakmicu sa selekcijom boraca 43. istarske divizije.

Dogovorom saveznika da će se granica između Italije i Jugoslavije odrediti naknadno mirovnom konferencijom, Julijska krajina je podijeljena u Zonu A s Trstom i Pulom pod anglo-američkom vojnom upravom i Zonu B pod jugoslavenskom vojnom upravom. Savezničke snage ušle su u Pulu 16.VI.1945., a jedinice Jugoslavenske armije povukle su se na crtu razgraničenja oko 5 km od grada.

S obzirom na političke sklonosti prema Jugoslaviji ili Italiji, osnivaju se nova udruženja i sportski klubovi. Nakon što je anglo-američka uprava zabranila nastavak aktivnosti profašistički kompromitiranog Griona, u kolovozu 1945. skupina mladih sportaša naklonjenih opciji da Pula ostane u sastavu Italije osniva klub Associazione Sportiva Pola. Istovremeno su pobornici suprotstavljene političke opcije, u okviru Ujedinjenih radničkih sindikata, osnovali sportsko društvo Unione Sportiva Operaia (USO). Udruženje boraca Julijske krajine (Associazione partigiani giuliani, APG) početkom rujna 1945. osnovalo je sportsko društvo APG, na čijem je čelu bio kasnije poznati sportski djelatnik Edoardo Edi Rajković.

Napete odnose i sukobe pristalica suprotstavljenih političkih određenja anglo-američka uprava je nastojala s pulskih ulica premjestiti na nogometno igralište pa su često organizirane utakmice A. S. Pola i U. S. Operaia, a sukobe pristalica ovih klubova sprječavali su anglo-američki vojnici.

Jedan od najbizarnijih događaja pulske, ne samo nogometne, povijesti, odigrao se nepuna četiri sata nakon tragedije u uvali Vargarola, kada je u eksploziji podmorskih mina poginulo 65, a ranjeno preko stotinu Puljana. Naime, 18.VIII.1946. na Gradskom stadionu odigrana je uzvratna utakmica za ulazak u 1. jugoslavensku ligu između pulskog USO-a i riječkog Kvarnera.

I prije no što su vlade Italije i Jugoslavije 10.II.1947. na temelju odluka Pariške mirovne konferencije potpisale mirovni ugovor po kojem je Pula pripala Hrvatskoj i Jugoslaviji, prve izbjeglice (ezuli), među kojima su i brojni pulski nogometaši, napuštaju Pulu. Nakon što su 15.IX.1947. Pariški mirovni ugovori stupili na snagu, Pula je i formalno postala dijelom Hrvatske i Jugoslavije.

Već nekoliko dana nakon toga u prvenstvo V. nogometne zone, u kojoj su se natjecale ekipe s istarskog i riječkog područja, uključuju se pulske momčadi USO i NK Proleter. Potonji je osnovan u rujnu 1947. nakon povratka pulske radne brigade s gradilišta pruge Šamac – Sarajevo, u čije redove prelaze igrači iz APG-a.

Normalizacijom života i početkom rada Brodogradilišta Uljanik, u sklopu tzv. „proleterske pomoći“ iz Monfalconea dolaze brodograđevni radnici koji pomažu u obnovi porušenih postrojenja. Mnogi od njih su i aktivni nogometaši, pa će Ferluga, Tripodi, Revelante, Richter, Doria, Feghitz, Toffolo, Lui... upotpuniti upražnjena mjesta u momčadi USO-a.

Na osnivačkoj sjednici 24.XI.1948. u kinu Partizan, gradski Savez za tjelesnu kulturu donosi odluku o osnivanju Sportskog društva Pula te odlučuje da se USO i Proleter spoje u NK Pula. Već pet dana nakon osnivanja, na tadašnji Dan Republike, u Puli je gostovao zagrebački Dinamo i odigrao prijateljsku utakmicu s novoosnovanom Pulom sastavljenom od ponajboljih igrača USO-a i Proletera.

Tijekom natjecanja u Hrvatskoj ligi, većina je igrača, razočarana, poput drugih građana, rigidnim komunističkim režimom i u potrazi za boljom budućnošću, napustila Pulu i otišla u Italiju. Politički dužnosnici su stoga odlučili ugasiti NK Pulu i u srpnju 1949. ponovo su osnovali ugašeni Proleter. Suočen s gotovo svakodnevnim odlascima igrača u Italiju, Proleter osvaja posljednje mjesto u prvenstvu Hrvatske lige, pa se u sezoni 1950./51. ponovno osniva NK Pula, koja se političkom odlukom uključuje u natjecanje Hrvatske lige.

Nekoliko mjeseci nakon odlaska anglo-američke uprave, u okviru sindikata Brodogradilišta Uljanik osniva se 1948. sportsko društvo sa sekcijama za košarku, odbojku, atletiku, boks, boćanje, udičarenje i nogomet. Među osnivačima društva bili su bivši nogometaši Edere i Griona Angelo Dicovich i Giordano Terlon, a potonji je do 1951. bio igrač i trener NK Uljanik. Klub se u sezoni 1950./51. uključio u natjecanje riječkog nogometnog podsaveza, u kojem se natječe i gradski rival Pula.

Zahvaljujući stabilnijim uvjetima financiranja, sportsko društvo Uljanika postalo je nositeljem kvalitetnog sporta u Puli, a time i Uljanik postaje najbolji gradski klub s ciljem da predstavlja Pulu u saveznom rangu natjecanja.

Utakmice gradskih rivala Pule i Uljanika obilovale su grubostima na terenu, ali i u gledalištu, gdje je među navijačima jedne i druge momčadi dolazilo do incidentnih situacija koje su najbolje oslikavale stvarnu podijeljenost grada na „domaće“ u Uljaniku i „furešte“ u Puli. Nije to promaklo društveno-političkim aktivistima, pa su, pod izlikom stvaranja jačeg gradskog kluba, članovima uprava dali u zadatak spajanje klubova kako bi spriječili iskazivani rivalitet među simpatizerima, igračima i upravama klubova. No, igrači i članovi klupskih uprava nisu odobravali spajanje klubova.

Nakon osvajanja prvenstva Nogometne zone Rijeka-Pula, Uljanik je odlučujuću kvalifikacijsku utakmicu za ulazak u 2. saveznu ligu u srpnju 1961. igrao s mariborskim Branikom. Minimalnom pobjedom Puljani nisu uspjeli nadoknaditi poraz od 0:2 u Mariboru pa Pula opet nije uspjela dobiti drugoligaša. Nakon još jednih neuspješnih kvalifikacija razočaranje Puljana bilo je veliko jer njihov grad neće imati predstavnika u drugoligaškom natjecanju. Društveno-politički forumi reagirali su munjevito. Već dan nakon utakmice održane su skupštine dvaju najboljih klubova Uljanika i Pule s jedinom točkom dnevnog reda – njihovoga spajanje. U utorak, 1.VIII.1961. u 18 sati, održana je u današnjem Domu hrvatskih branitelja, uz predsjedanje predsjednika Narodnog odbora Pule Antuna Bubića, osnivačka skupština novog NK Istra. Za prvog predsjednika Istre izabran je Mijo Pikunić, a za potpredsjednike dotadašnji predsjednici Uljanika i Pule Ivan Cukon i Eduard Edo Girardi.

Prvu natjecateljsku utakmicu u sezoni 1961./62. NK Istra je odigrala u Puli s delničkim Goraninom i pobijedila 5:0, a strijelac prvog gola u povijesti kluba bio je legendarni Aldo (Rinaldo) Drosina. Nakon osvajanja naslova prvaka VI. nogometne zone, izborene su kvalifikacije za ulazak u 2. saveznu ligu. Od 1946. bio je to osmi pokušaj jednog od pulskih klubova da kroz kvalifikacije izbori natjecanje u višem rangu. Odlučujuću kvalifikacijsku utakmicu Istra odigrala je 20.VII.1962. u Zadru i uz neodlučen rezultat 1:1 uspjela izboriti natjecanje u 2. saveznoj ligi. Po povratku iz Zadra nogometašima je priređen svečani doček. Uz zvukove limene glazbe slavlje Puljana je potrajalo duboko u noć. Pula je konačno dobila drugoligaša.

Ante Tonči Blašković, bivši trener Pule i nogometni zanesenjak, osnovao je 1963. NK Tehnomont, klub poduzeća čiji je bio direktor. Osniva i nogometnu školu u kojoj će stasati najtalentiraniji naraštaji pulskih nogometaša, uz koje će sljedeća dva desetljeća biti vezani najveći uspjesi pulskog nogometa.

Nakon tri godine mirovanja, 1964. NK Uljanik obnavlja svoju aktivnost. Pojačani bivšim igračima Istre Ivanom Giljanovićem - Đimijem, Josipom Mingonom - Bepijem i Željkom (Želimirom) Radoševićem postali su prvaci pulskog nogometnog podsaveza 1967./68. i izborili natjecanje u nogometnoj zoni Rijeka-Pula.

Nakon ispadanja Istre iz drugoligaškog natjecanja 1967., gotovo svi igrači prve momčadi napustili su klub pa je trener A. Drosina započeo natjecanje u prvenstvu nogometne zone Rijeka-Pula 1967./68. s potpuno pomlađenom ekipom, čiju su okosnicu činili dojučerašnji juniori Tehnomonta i igrači Avijatičara.

Nogometni klub Avijatičar osnovali su početkom 1950-ih pitomci s pulskog vojnog aerodroma. Od sezone 1955./56. s klubovima Trgovački i Pula natječe se u pulskom nogometnom podsavezu. Za klub su igrali poznati nogometaši koji su kasnije pojačali redove Istre kao Vukašin Višnjevac, Petar Petrović, Josip Štefanić… Avijatičar je djelovao do kraja 1970-ih, a utakmice je igrao na Karbonini, pomoćnom igralištu Gradskog stadiona.

Tih su godina u Puli osnovani i NK Staklar i NK Šijana. Staklar je osnovan 1959. kao momčad Tvornice laboratorijskog stakla „Boris Kidrič“, a u natjecanje pulskog nogometnog podsaveza uključuje se u sezoni 1960./61., u kojoj su se natjecali i Avijatičar i Valkane. Boja kluba bila je ljubičasta, a svoje utakmice igrali su na Karbonini. U sezoni 1969./70. Staklar se pod vodstvom trenera A. Blaškovića natječe u nogometnoj zoni Rijeka–Pula, u kojoj se te sezone natječu i Istra i Uljanik. Sredinom 1970-ih A. Blašković je osnovao Ženski nogometni klub Staklar. Pomoćni trener bio je bivši igrač Staklara Žižaković. Klub se dvije sezone natjecao među najboljim ženskim ekipama Jugoslavije. Za mušku ekipu Staklara nastupao je 1978./79. i proslavljeni boksač Mate Parlov. Klub je prestao djelovati početkom 1990-ih.

NK Šijanu osnovala je početkom 1960-ih grupa mladića koji su počeli igrati nogomet po šijanskim livadama, najčešće na mjestu gdje se danas nalaze prostori autobusnog prijevoznika Brioni. Među osnivačima kluba bili su braća Martinčić, Elio i Darko, te Mojmil Zuban. Boja kluba bila je zelena. Klub se natjecao u pulskom nogometnom podsavezu i u Istarskoj ligi. U potonjoj je u sezoni 1984./85. osvojio prvo mjesto, ali zbog nedostatnih uvjeta odustaje od natjecanja u višem rangu. Sredinom 1970-ih trener kluba bio je legendarni Egidio Martinović.

NK Pula ICI sljednik je NK Valkane i NK Cement koji su bili pod patronatom pulske tvornice cementa. Cement je u sezoni 1988./89. osvojio prvenstvo Istarske nogometne lige. Pod imenom NK Pula ICI (ICI je kratica od Istra Cement International) nastupa u prvenstvu Treće hrvatske nogometne lige, a u sezoni 1996./97. u Drugoj hrvatskoj nogometnoj ligi - zapad.

Na početku sezone 1968./69. oba vodeća pulska kluba, Istra i Uljanik, započeli su pripreme za natjecanje u nogometnoj zoni Rijeka-Pula. No, reorganizacijom sustava natjecanja, umjesto dvije skupine Druge savezne lige (Istok i Zapad), formirane su četiri skupine (Istok, Zapad, Sjever i Jug), pa je Istra administrativnom odlukom postala članicom zapadne skupine 2. savezne lige u kojoj se zadržala tek jednu sezonu.

Kao drugoplasirana momčad u prvenstvu nogometne zone Rijeka-Pula 1969./70., Istra je još jednom kroz kvalifikacije pokušala izboriti natjecanje u višem rangu, ali su bihaćko Jedinstvo i Zadar bili uspješniji.

U sezoni 1969./70. u natjecanju nogometne zone Rijeka-Pula uz Istru natječu se i Uljanik i Staklar pa se po prvi put nakon 1961. igraju derbiji gradskih rivala.

U sezoni 1970./71. Istra je za ulazak u Drugu saveznu ligu trebala biti bolja od Radnika iz Velike Gorice. Zbog postavljanja novog travnjaka na pulskom Gradskom stadionu, uzvratni susret kvalifikacija odigran je u Rovinju. Zahvaljujući boljem izvođenju jedanaesteraca Istra je postala novi drugoligaš.

Zbog ponovne reorganizacije natjecanja (umjesto četiri, formiraju se dvije skupine druge lige), a Istra, kao klub iz donjeg dijela ljestvice, natjecateljsku sezonu 1973./74. započinje u Hrvatskoj ligi.

Nakon osam godina u klub se na mjesto predsjednika vratio Željko Žmak. S novim članovima uprave započeo je izgradnju klupskog restorana na sjevernoj strani Gradskog stadiona. Organizacijom tombole u tom restoranu pronađen je izvor financiranja, što će sljedećih desetak godina biti putokaz i ostalim pulskim sportskim klubovima, kojima će klupske tombole biti glavni izvor financiranja.

NK Uljanik osvojio je 1977./78. naslov prvaka Regionalne lige, time i pravo nastupa u Hrvatskoj nogometnoj ligi, u kojoj se natjecala Istra. No, pulski sportski i politički čelnici odlučili su da grad ne može financirati dva kluba u natjecanju Hrvatske lige te da se Istri, kao nositelju kvalitetnog nogometa u Puli, omoguće optimalni uvjeti za ulazak u 2. saveznu ligu.

Osvajanjem prvog mjesta u prvenstvu Hrvatske lige 1978./79. Istra je status drugoligaša trebala izboriti u kvalifikacijskim utakmicama s ekipom BSK-a iz Slavonskog Broda. Nakon pobjede u Puli 3:1 i minimalnog poraza 2:3 u uzvratnom susretu, ponovno je postala drugoligaš. Na kraju te sezone natjecanja u 2. saveznoj ligi, 1979./80., zauzela je 13. mjesto, koje nije bilo dovoljno za ostanak u drugoligaškom društvu.

Nezadovoljna rezultatima kluba nakon ispadanja iz drugoligaškog natjecanja, nova uprava Istre u sezoni 1982./83. angažira za trenera proslavljenog jugoslavenskog internacionalca Josipa Skoblara. Unatoč zvučnom trenerskom imenu Puljani su na kraju sezone bili tek na sredini ljestvice Hrvatske lige.

S druge strane, nakon više od dvadeset godina od utakmice Uljanika s mariborskim Branikom, odigrane 1961., pulski ljubitelji nogometa razvili su transparente podrške Uljaniku. U odlučujućoj utakmici za prvaka Regionalne lige Uljanik je 1983. pobijedio NK Grobničan i izborio natjecanje u Hrvatskoj ligi, u kojoj se natjecao i najbolji gradski klub Istra.

Druga polovica 1980-ih obilježena je neuspjelim pokušajima Istre da nakon natjecanja u Zapadnoj skupini Hrvatske nogometne lige kroz kvalifikacije izbori prolazak u viši rang natjecanja. Nakon sezone 1985./86. uspješniji od Puljana bili su nogometaši NK Zagreba, a sljedeće sezone BSK-a iz Slavonskog Broda.

U posljednjoj prvenstvenoj sezoni u Jugoslaviji, 1990./91., prije nego će administrativnom odlukom postati prvoligaš u prvom prvenstvu samostalne Hrvatske, Istra se, kao i Uljanik, natjecala u prvenstvu Zapadne skupine Hrvatske lige. Posljednju prvenstvenu utakmicu u Jugoslaviji Istra je odigrala u Marčani protiv NK Marčane, a utakmica je završila neodlučenim rezultatom 4:4.

Doba Hrvatske. Hrvatski sabor 25.VI.1991. donosi odluku o samostalnosti Republike Hrvatske, a 16.XII.1991. zadnje postrojbe Jugoslavenske narodne armije napuštaju Pulu. Uspostava samostalne hrvatske države i raspad Jugoslavije donose velike promjene na svim područjima, pa i u sportskim aktivnostima. Raspadaju se nogometna natjecanja na razini dotadašnje države te Hrvatski nogometni savez donosi odluku o formiranju Hrvatske nogometne lige, u kojoj bi se natjecalo 12 nogometnih klubova, među kojima i NK Istra.

Prvo nogometno prvenstvo Hrvatske započelo je u veljači 1992., a prvu utakmicu u prvoligaškom društvu Istra je igrala s Hajdukom u Splitu. Hajduk je pobijedio 3:1, a prvi, povijesni prvoligaški pogodak za Istru postigao je Igor Pamić.

Pred prvenstvenu utakmicu Istre i NK Rijeke 28.III.1992. osnovana je navijačka skupina Demoni.

U ožujku 1993. započeli su radovi na izgradnji Gradskog stadiona (na mjestu postojećeg iz 1931.), pa je pulski prvoligaš svoje utakmice igrao na igralištu Sportskog centra (SC) Valkane (drugi dio sezone 1992./93.) i na stadionu Sportsko rekreacijskog centra (SRC) Uljanik na Verudi (1993./94. i dio sezone 1994./95.). Ta su dva igrališta uređena u 1980-im, u vrijeme procvata rekreacije i radničkih sportskih igara. Brodogradilište Uljanik izgradilo je SRC Veruda, koji je otvoren 1986., u vrijeme održavanja omladinskih sportskih igara Alpe-Jadran. Istovremeno je na prostoru nekadašnjeg kamenoloma pulska Tvornica cementa započela gradnju SC Valkane.

Na utakmici s Rijekom 20.VIII.1993. Istra je prvi put istrčala u novim bojama. Plava boja dresa, koju su pulski nogometaši nosili od osnivanja kluba 1961., zamijenjena je žuto-zelenom kombinacijom boja iz povijesnog grba grada Pule.

Prva faza gradnje Gradskog stadiona završena je 9.IV.1995., a čast rezanja vrpce i počasnog udarca na centru igrališta pripala je nogometnoj legendi A. Drosini. Osam godina poslije, 2003., Gradski stadion nazvan je njegovim imenom.

Prva utakmica nogometnih državnih reprezentacija odigrana je u Puli 29.V.1998. U prijateljskoj utakmici u sklopu priprema za Svjetsko nogometno prvenstvo u Francuskoj igrale su reprezentacije Hrvatske i Slovačke (1:2).

U sezoni 1996./97. Istra, kao pretposljednja momčad na ljestvici, napušta prvoligaško društvo, ali već nakon dvije sezone, 1999., Pula opet ima prvoligaša, ovog puta ne administrativnim putem, već temeljem sportskih rezultata. Međutim, nakon tek jedne prvoligaške sezone, 1999./2000., Istra je zauzela pretposljednje mjesto i ponovno napustila prvoligaško društvo.

Na stadionu na Verudi 22.III.2003. odigran je posljednji drugoligaški susret dvaju najboljih pulskih klubova pod imenima Istra i Uljanik. Pobijedio je Uljanik 3:0 i time nakon više od četrdeset godina ponovno preuzeo ulogu najkvalitetnijeg pulskog nogometnog kluba. Istra je te sezone izgubila i drugoligaški status te se od sezone 2003./04. natjecala u trećoj Hrvatskoj ligi. Suočena s teškom i dugotrajnom krizom, 2009./10. ispala je i iz treće lige te se potom natječe na županijskoj razini.

Uljanik je 2003. postigao do tada najveći uspjeh u povijesti pulskog i istarskog nogometa. Nakon što su eliminirali prvoligaše Osijek i Kamen Ingrad, „brodograditelji“ su uspjeli izboriti finale Hrvatskog nogometnog kupa, u kojem su se sastali sa splitskim Hajdukom. Uspjeh je bio tim veći što to u povijesti nogometa u samostalnoj Hrvatskoj nije uspjelo nijednom drugoligašu. Kup je osvojio Hajduk pobjedama u Puli 1:0 i potom u Splitu 4:0.

Kad se uvidjelo da NK Uljanik nadilazi sindikalne i amaterske osnove, s imenom brodogradilišta u državnom vlasništvu i s državnim poticajima, čelnici „brodograditelja“ odlučili su se prije početka sezone 2003./04. na promjenu imena kluba u NK Pula 1856 (godina osnivanja pulskog brodogradilišta). Pod novim imenom, nakon osvojenog prvog mjesta u Južnoj skupini druge lige, ulazak u prvoligaško društvo trebalo je izboriti u kvalifikacijskim utakmicama s čakovečkim Međimurjem. Nakon 2:0 poraza u Čakovcu, u uzvratnom susretu na pulskom Gradskom stadionu Puljani su izborili produžetke i izvođenje jedanaesteraca. Junak utakmice bio je mladi pulski vratar Ervin Radulović koji je obranio četiri udarca s bijele točke i tako uveo Puljane u prvoligaško društvo.

U sezoni 2005./06. nakon potpisivanja sponzorskog ugovora s Daruvarskom pivovarom Pula 1856 mijenja ime u NK Pula Staro češko. Nakon samo jedne sezone i raskida sponzorskog ugovora, klub u prvoligaškom natjecanju u sezoni 2006./07. nastupa pod imenom NK Pula, no završava na 11. mjestu i ispada iz lige.

U ljeto 2007., nakon nekoliko neuspješnih pokušaja spajanja s pulskim trećeligašem Istrom, klub je promijenio ime u NK Istra 1961., kao i klupsku boju u zeleno-žutu. Najbolji gradski klub baštinio je ime Istre, kluba koji je od svog osnivanja 1961. bio nositelj kvalitetnog nogometa u Puli i na istarskom poluotoku. Nakon promjene imena i boja, klub su prihvatili i Demoni. Osvajanjem prvenstva u natjecanju jedinstvene druge lige u sezoni 2008./09., NK Istra pod vodstvom trenera Elvisa Scorije ponovno postaje prvoligaš.

U posljednjim danima 2009. na izbornoj skupštini NK Istre 1961 izabran je za predsjednika ruski poduzetnik Mihail Ščeglov, čime je postao prvi stranac na čelu jednog hrvatskog kluba. Na toj je sjednici usvojena i odluka o preregistraciji kluba iz udruge građana u sportsko dioničko društvo, što je bio prvi korak prema privatizaciji kluba.

Konačni završetak gradnje pulskog Gradskog stadiona obilježen je 11.II.2011. prijateljskom utakmicom državnih reprezentacija Hrvatske i Češke. Pred 9.000 gledatelja, koji su do zadnjeg mjesta ispunili tribine novog stadiona, Hrvatska je pobijedila rezultatom 4:2.

U lipnju 2015. američki investitori, koje je predstavljao odvjetnik Michael Glover, otkupili su paket dionica kluba od M. Ščeglova te time postali većinski vlasnici. Iste godine u klubu se osnivaju ženske nogometne ekipe u seniorskom i juniorskom uzrastu. Amerikanci su nakon tri natjecateljske sezone odustali su od ulaganja u klub tijekom sezone 2017./18., pa se Istra 1961 našla u financijskim problemima koji su u pitanje doveli opstojnost kluba.

Igrači su tada, bez izvora financiranja, prepušteni pomoći tek nekolicine prijatelja i podupiratelja kluba, ispisali jednu od najdramatičnijih, ali i najljepših priča u pulskoj nogometnoj povijesti. Oni koji u zimskoj pauzi nisu napustili klub, nekolicina igrača posuđenih iz drugih klubova te juniora predvođenih trenerom Darkom Raić-Sudarom i kapetanom Aljošom Vojnovićem ipak su započeli s pripremama za proljetni nastavak prvenstva, zadržali pretposljednje mjesto i u dvije kvalifikacijske utakmice s Varaždinom uspjeli ostati u prvoligaškom natjecanju. Odlučujuću kvalifikacijsku utakmicu u Varaždinu Istra 1961 odigrala je u sastavu: Marijan Ćorić, Aleksandar Jovičić, Ivan Zgrablić, Franjo Prce, Antonio Pavić, Aljoša Vojnović, Kristijan Jakić, Renato Escobar Baruffi, Dino Halilović, Goran Roce i Andrea Ottochian.

Prije početka sezone 2018./19. Istru 1961 je od američkih vlasnika otkupila španjolska grupacija Baskonia-Alavés u vlasništvu Joséa Antonija Querejete Altune.

Pobjedom nad vječitim rivalom Rijekom (3:2) Istra 1961 je 14.IV.2021. uspjela izboriti finale Hrvatskog nogometnog kupa i tako ponoviti najveći uspjeh pulskog i istarskog nogometa iz 2003., kad je u finalu igrao tada drugoligaš Uljanik.