Nogometni klub (NK) Istra 1961 osnovan je u Puli 1964. kao NK Uljanik, a nastupao je i pod imenima Pula 1856, Pula Staro češko i Pula.

Nakon početka u općinskoj ligi Pule, Uljanik je od sezone 1966./67. nastupao u regionalnoj ligi Rijeka-Pula, da bi u sezoni 1977./78. osvojio prvo mjesto i stekao pravo nastupa u Hrvatskoj republičkoj ligi jug (koja je činila treći rang natjecanja). No, kako grad nije mogao (želio) financirati dva kluba u istom rangu natjecanja (u republičkoj ligi već je igrala NK Istra), Uljanik nije prešao u višu ligu. Ta se situacija ponovila 1982./83. pa je i tada klub ostao u regionalnoj ligi.

Nakon osnivanja Hrvatske nogometne lige (HNL) 1992., klub započinje natjecanje u Trećoj ligi, od 1993./94. do 1997./98. igrao je u Drugoj ligi, potom opet u Trećoj. U sezoni 2000./01. postaje prvak Treće HNL te se vraća u Drugu ligu. Dotad najveći uspjeh postiže u sezoni 2002./03. kada je igrao u finalu Hrvatskog nogometnog kupa protiv splitskog Hajduka, što je zasad jedini slučaj u tom natjecanju da je klub iz Druge lige dospio do finala.

Nakon što je 2003. promijenio ime u NK Pula 1856 (što je godina osnivanja pulskog brodogradilišta), u sezoni 2003./04. osvojio je pod vodstvom trenera Igora Pamića prvo mjesto u Drugoj HNL – Skupina Jug i pravo na kvalifikacije za Prvu HNL. Budući da je u dvjema utakmicama protiv Međimurja iz Čakovca ukupno bio bolji nakon odluke izvođenjem jedanaesteraca, postao je prvoligaš te prvu sezonu završio na 10. mjestu. Druge sezone (2005./06.) klub nastupa kao NK Pula Staro češko, a treće (2006./07.) kao NK Pula. Za razliku od druge, kada je ostao samo za bod nadomak 6. mjestu koje je osiguravalo igranje u Ligi za prvaka, u trećoj su prvoligaškoj sezoni klub sustigli problemi financijske prirode koji su umalo doveli do bankrota. Krajem 2006. u klub dolazi novi predsjednik Darko Jergović koji ga je uspio financijski stabilizirati, ali je ipak 2007. ispao iz Prve HNL.

Nakon nekoliko neuspješnih pokušaja spajanja s pulskim trećeligašem NK Istrom, u ljeto 2007. klub je promijenio ime u NK Istra 1961, kao i klupsku boju iz tamnoplave u zeleno-žutu (boje pulskoga grba), što je bio uvjet Demona, navijača NK Istre, da ga prihvate kao svoj klub.

Osvajanjem prvenstva u natjecanju jedinstvene Druge lige u sezoni 2008./09., NK Istra pod vodstvom trenera E. Scorije ponovno postaje prvoligaš. U prosincu 2009. predsjednikom postaje ruski poduzetnik Mihail Ščeglov kao prvi stranac na čelu jednog hrvatskog nogometnog kluba te se pokreće proces preoblikovanja kluba iz udruge građana u sportsko dioničko društvo, što će biti dovršeno u lipnju 2011., kada Ščeglov postaje većinski vlasnik. U tim godinama klub ostvaruje zapažene sportske uspjehe: u sezoni 2012./13. zauzima šesto mjesto (u ligi s 12 klubova), kao i 2013./14. (u ligi 10), sve pod vodstvom trenera I. Pamića. Hrvoje Milić postao je prvi igrač Istre 1961 koji je pozvan u reprezentaciju Hrvatske.

U ljeto 2015. grupa američkih investitora otkupila je od Ščeglova većinski paket dionica i za predsjednika postavila Michaela Glovera. Već su početkom treće sezone (2017./18.) vlasnici prestali isplaćivati plaće igračima, što je dovelo do brojnih odlazaka, tako da su proljetni dio odigrali preostali igrači te domaći povratnici i posuđenici iz drugih klubova, pod vodstvom trenera Darka Raić-Sudara. Igrajući bez novčane naknade, kao i svi zaposlenici kluba, uz pomoć brojnih prijatelja koji su financijski i na sve druge načine pomagali, uspjeli su održati klub u Prvoj ligi osvajanjem devetoga mjesta i uspješnim igranjem kvalifikacija. Taj su pothvat ostvarili Vanja Iveša, Marijan Ćorić, Tomislav Čuljak, Nikola Matas, Aleksandar Jovičić, Ivan Zgrablić, Franjo Prce, Antonio Pavić, Toni Burić, Nikola Prelčec, Dejan Maksimović, Aljoša Vojnović, Kristijan Jakić, Dino Halilović, Renato Escobar Baruffi Bady, Cosmin Matei, Goran Roce i Andrea Ottochian. Da je ispao iz lige, klub bi zasigurno bankrotirao.

U ljeto 2018. većinski paket dionica (i dugove) otkupila je španjolska grupacija Baskonia-Alavés. Nakon prve sezone u kojoj su u momčadi igrali uglavnom igrači iz inozemstva postupno se prešlo na oslonac na hrvatske i osobito domaće igrače. Klub je 2020./21. ponovno igrao u finalu Hrvatskog kupa, a 2022./23. je u prvoj ligi (SuperSport HNL) pod vodstvom trenera Gonzala Garcíje osvojio 5. mjesto, što je najbolji prvenstveni rezultat kluba. Značajno je poboljšan rad s mlađim uzrastima pa su igrači Istre 1961 sve češće članovi kadetske i juniorske reprezentacije Hrvatske.

http://www.nkistra1961.hr/