Cissanska biskupija, povijesna biskupija u ranom srednjem vijeku na zapadnoj obali Istre.

Povezuje se s otokom Cissa, što ga spominje Plinije, a učena predaja prosvjetiteljstva smješta na područje između Brijuna/Briona i Rovinja.

Cissanski biskup Vindemije spominje se kao potpisnik akata sinoda u Gradu 579., u doba shizme »triju poglavlja« (istarski raskol), s drugim istarskim biskupima (Pule, Trsta, Poreča, Pićna i Novigrada). Izvori spominju i cissanskoga biskupa Ursina. Iako ima i drugačijih mišljenja (zbog nesigurnog čitanja episcopus Cessensis ili Cenetensis), drži se da je biskupija na tom području postojala od sredine VI. st. do VIII. st., kada je Cissa, prema predaji, potonula, a nastao Rovinj kao novo gradsko središte. Međutim, kako je problem Cisse, njezina postojanja i potonuća, obavijen velom još nerješive tajne, i pitanje Cissanske biskupije ostaje otvorenim: iako su mnogi povjesničari zastupali tezu o njezinu nedvojbenom postojanju, mnogi su se ogradili od ikakvih kategoričnih zaključaka o tomu (Bernardo Benussi, Luigi Parentin, Giuseppe Cuscito).