Biskupija (dijeceza, lat. dioecesis), crkveno upravno područje Katoličke crkve.

Ima točno određene granice, a podijeljena je na dekanate i župe. Na čelu joj je biskup (ordinarij, koji obnaša redovitu crkvenu vlast), a kao savjetodavno tijelo u pastoralnoj, upravnoj, gospodarskoj i sudskoj vlasti pomaže mu biskupska kurija (generalni vikar, kancelar i ekonom, konzultori, svećeničko vijeće) te dijecezanska vijeća.

Biskupije su nastale kao organizacije prvih kršćana u pretkonstantinsko doba, a nakon Milanskog edikta 313. počele su i javno djelovati. Biskup je bio na čelu kršćanskih zajednica u većim gradovima, s ovlasti na upravnom području grada, te su granice biskupija prvotno bile istovjetne s gradskim područjem.

U Istri je najstarija Porečka biskupija, koja je postojala u III. st., kada je njezin vjerojatno prvi biskup sv. Mauro pretrpio mučeništvo. Njezin je sljedeći poznati biskup bio tek Eufrazije, graditelj porečkoga biskupskoga sklopa (danas Eufrazijana/Eufrazijeva bazilika). Vjerojatno je gotovo istodobna i Pulska biskupija, premda je njezin prvi biskup Antonije u vrelima poznat tek iz VI. st. Obje su do XIII. st. bile sufraganske Akvilejskoj metropoliji (Akvilejski patrijarhat), potom Mletačkoj metropoliji, a granice im nisu bile usklađene s političkim granicama Pazinske knežije i dijela Istre pod mletačkom vlašću. To je stanje uređeno tek neposredno prije propasti Mletačke Republike, te su obje biskupije došle pod austrijsku vlast kada su (1828., odnosno 1830.) spojene u Porečku i pulsku biskupiju.

Pićanska biskupija ustanovljena je oko V.–VI. st., a prema predaji, prvi je biskup bio sv. Nicefor na početku VI. st. Područje joj je nastalo od rubnoga dijela Tršćanske biskupije u ranom srednjem vijeku, kada su utemeljene i Koparska biskupija i Novigradska biskupija. U srednjem vijeku postala je pastoralnim područjem Pazinske knežije, ali je uvijek bila nerazvijena zbog loših gospodarskih uvjeta. Ipak, u njoj su kao biskupi stolovali i neki važni intelektualci. Ukinuta je 1788. u sklopu reforme biskupija na sjevernom jadranskom području i pripojena je Tršćanskoj biskupiji 1791. Slično je potom i Novigradska biskupija - formalno 1828., a stvarno 1831., nakon smrti posljednjeg biskupa - pripojena Tršćanskoj biskupiji odnosno u isto vrijeme uspostavljenoj Tršćansko-koparskoj biskupiji.

Drži se da je u VI.–VIII. st. na području Rovinja postojala Cissanska biskupija, prijeporna zbog nesigurnih izvornih podataka i neriješena pitanja smještaja njezina sjedišta.

Koparska biskupija spominje se prvi put 599., ali prve vijesti o njoj potječu iz sredine VIII. st., nakon čega je postala dijelom Tršćanske biskupije. Obnovljena 1185., postojala je do reforme 1830., kada je opet pridružena Tršćanskoj biskupiji u Tršćansko-koparsku biskupiju U sadašnjem obliku nastala je 1977., kada su nakon Osimskih sporazuma crkverne granice usklađene s političkima. Obuhvaća u Istri dva dekanata (Dekani i Kopar) te dijelove još dvaju (Ilirska Bistrica i Kras).

Porečka i pulska biskupija sufragan je Riječke nadbiskupije, a Koparska Ljubljanske biskupije. Sjeveroistočna Istra (područje Primorsko-goranske županije) i manji dio sjeverne Ćićarije (Vodice i Dane) pripadaju Riječkoj nadbiskupiji.