Zaštita prirode, interdisciplinarna djelatnost koje je svrha zaštita svih sastavnica žive i nežive prirode, s osobitim naglaskom na zaštitu i očuvanje biološke i krajobrazne raznolikosti.

Zakonski okvir za zaštitu prirode daje Zakon o zaštiti prirode iz 2003., koji je u hrvatsko zakonodavstvo uveo načela Konvencije o biološkoj raznolikosti donesene na Konferenciji UN-a o okolišu i razvoju u Rio de Janeiru 1992., a koju je 1996. ratificirala RH. Za razliku od nekadašnje koncepcije zaštite prirode, koja je poglavito bila usmjerena na izdvajanje najvrjednijih dijelova prirode te njihovu zaštitu, tim zakonom zaštita prirode obuhvaća zaštitu i očuvanje ukupne biološke i krajobrazne raznolikosti. Mjere njihova očuvanja, uz posebnu zaštitu određenih područja i vrsta, ugrađuju se u sve djelatnosti koje na bilo koji način koriste prirodna dobra (gospodarske osnove, prostorno planiranje i dr.). Na taj se način, u skladu s održivim razvojem, zaštita prirode proširuje s 9,9% zaštićenoga teritorija na čitavo područje Hrvatske. Takva je koncepcija zaštite prirode, ugrađena i u Nacionalnu strategiju, i akcijski plan zaštite biološke i krajobrazne raznolikosti, koju je 1999. donio Hrvatski sabor.

Prema Zakonu o zaštiti prirode, prirodne se vrijednosti mogu posebno zaštititi kao zaštićena područja, zaštićene svojte te zaštićeni minerali i fosili. Postoji 9 kategorija zaštićenih područja, koja se razlikuju prema kriteriju i strogosti zaštite: strogi rezervat, nacionalni park, posebni rezervat, park prirode, regionalni park, spomenik prirode, značajni krajobraz, park-šuma i spomenik parkovne arhitekture. Zaštićena područja, ovisno o kategoriji, proglašava Hrvatski sabor (nacionalne parkove i parkove prirode), Vlada RH (stroge i posebne rezervate) te jedinice regionalne i/ili lokalne samouprave uz suglasnost nadležnoga ministarstva. Sve zaštićene prirodne vrijednosti upisane su u Upisnik zaštićenih prirodnih vrijednosti. Za provođenje Zakona o zaštiti prirode i međunarodnih konvencija iz tog područja te za koordinaciju upravnih i stručnih aktivnosti zaštite prirode u RH nadležno je Ministarstvo kulture, tj. njegova Uprava za zaštitu prirode, u sklopu koje djeluje i inspekcija zaštite prirode. Stručne poslove (prikupljanje i obradba podataka te održavanje baza, praćenje stanja biološke i krajobrazne raznolikosti, izradba stručnih podloga i sl.) u okviru djelatnosti zaštite prirode obavlja Državni zavod za zaštitu prirode. Zaštićenim područjima upravljaju javne ustanove; nacionalni parkovi i parkovi prirode imaju samostalne javne ustanove, dok ostalim kategorijama zaštićenih područja upravljaju županijske, gradske ili općinske javne ustanove.

U Istarskoj se županiji nalaze 33 zaštićena područja na površini od 22080,19ha, što čini 7,82% područja Županije. Najveći su Nacionalni park Brijuni i Park prirode Učka. Strogih rezervata u Istri nema, a u kategoriji posebnih rezervata zaštićeni su Motovunska šuma i Kontija (rezervati šumske vegetacije), Limski zaljev (rezervat u moru), močvara Palud (ornitološki rezervat) te Datule-Barbariga (paleontološki rezervat). U kategoriji park-šume zaštićeni su Zlatni rt, Šijana kraj Pule, Škaraba, Busoler, poluotok Kašteja i brdo Soline kraj Vinkurana. Okolina Istarskih toplica kraj Buzeta, Limski zaljev, Pazinski ponor, rovinjski otoci i priobalno područje, područje Gračišće-Pićan, područje između Labina i Rapca te uvale Prklog, sjeverni dio poluotoka Premantura („Gornji Kamenjak“), premanturska Punta („Donji Kamenjak“), medulinski arhipelag te područje Učke izvan parka prirode pripadaju kategoriji zaštićenoga krajolika. Kao spomenici prirode zaštićene su četiri pinije u Karojbi, stablo čempresa u Kašćergi, dva stabla glicinije u Labinu, skupina stabala oko crkvice sv. Ane kraj Červara (botanički spomenici prirode), Pincinova jama (zoološki spomenik prirode), Markova jama, jama Baredine, Vela draga pod Učkom (geomorfološki spomenici prirode) te kamenolom Fantazija (geološki spomenik prirode). Drvored čempresa na groblju u Rovinju i park u Nedešćini zaštićeni su u kategoriji spomenika parkovne arhitekture. Svim zaštićenim područjima (osim Nacionalnim parkom Brijuni i Parkom prirode Učka) upravlja Natura Histrica.

Prema Crvenoj knjizi vaskularne flore Hrvatske iz 2005. na području Istre zabilježeno je 85 rijetkih i ugroženih biljnih vrsta. Kritično ugroženim svojtama smatraju se lukovičav repak (Alopecurus bulbosus), pustenasti jarmen (Anthemis tomentosa), žabnjačka kornjačica (Baldellia ranunculoides), kopljastolisni zvinčac (Bupleurum lancifolium), pješčarski ladolež (Calystegia soldanella), vodena slatka trava (Catabrosa aquatica), uskolisni slak (Convolvulus lineatus), jednoplevična jezernica (Eleocharis uniglumis), žućkastobijela kukavičica (Lathyrus ochrus), troperkasta vrbica (Lythrum tribracteatum), sitna mišorepka (Myosurus minimus), zimski jednolist (Ophioglossum lusitanicum), zavinutobodljasti mak (Papaver hybridum), morska brula (Triglochin maritimum), močvarna brula (Triglochin palustris) i crljena sapunika (Vaccaria hispanica). U ugrožene svojte ubrajaju se ljetni gorocvijet (Adonis aestivalis), jesenski gorocvijet (Adonis annua), travoliki žabočun (Alisma gramineum), trožilna žuška (Blackstonia perfoliata ssp. serotina), razdijeljeni šaš (Carex divisa), obalni šaš (Carex extensa), žuti šaš (Carex flava), šiljati lastavičnjak (Cynanchum acutum), kranjska jezernica (Eleocharis carniolica), srčenjak (Gentiana lutea ssp. symphyandra), plućni srčenjak (Gentiana pneumonanthe), primorska makovica (Glaucium flavum), vršačka sljezolika (Hibiscus trionum), obični borak (Hippuris vulgaris), krasulja (Hordeum secalinum), grbasta vodena leća (Lemna gibba), četverolisna raznorotka (Marsilea quadrifolia), Tommasinijeva merinka (Moehringia tommasinii), pčelinja kokica (Ophrys apifera), moračina širolistna (Orlaya hochii), prizemni ušljivac (Pedicularis acaulis), planinski ušljivac (Pedicularis hoermanniana), veliki žabnjak (Ranunculus lingua), jednolisni žabnjak (Ranunculus ophioglossifolius), loptasta kopriva (Urtica pilulifera) te grahorkasta grahorica (Vicia onobrychioides). Osjetljive su svojte brđanka (Arnica montana), obalni šaš (Carex riparia), mjehurasti šaš (Carex vesicaria), žućkasti oštrik (Cyperus flavescens), smeđi šilj (Cyperus fuscus), dugi oštrik (Cyperus longus), kasni oštrik (Cyperus serotinus), sredozemna ljuljolika (Desmazeria marina), zimska preslica (Equisetum hyemale), nježna kockavica (Fritillaria messanensis ssp. gracilis), plivajuća pirevina (Glyceria fluitans), valjkasti tankorepić (Hainardia cylindrica), velecvjetni kukurijek (Helleborus niger ssp. macranthus), primorski ječam (Hordeum marinum), božikovina (Ilex aquifolium), runolist (Leontopodium alpinum ssp. krasense), lukovičavi ljiljan (Lilium bulbiferum), kranjski ljiljan (Lilium carniolicum), ljiljan zlatan (Lilium martagon), potočni pilićnjak (Lythrum portula), Bertolonijeva kokica (Ophrya bertolonii), svilena cvjetna kokica (Ophrya bombyliflora), mačkovo uho (Ophrya fuciflora), smeđa kokica (Ophrya fusca), muhina kokica (Ophrya insectifera), kokica paučica (Ophrya sphegodes), vonjava kokica (Ophrya coriophora), kacigasti kaćun (Orchis militaris), crveni kaćun (Orchis papilionacea), finobodljasti kaćun (Orchis provincialis), grimizni kaćun (Orchis purpurea), četverotočkasti kaćun (Orchis quadripunctata), majmunov kaćun (Orchis simia), mali kaćun (Orchis tridentata), medeni kaćun (Orchis ustulata), svinuti tankorepaš (Parapholis incurva), mirisavi dvolist (Platanthera bifolia), slanica (Sasola kali), sodna solnjača (Sasola soda), dugousna kukavica (Serapias vomeracea), primorska jurčica (Suaeda maritima), tisa (Taxus baccata) te beskorjenska sitna leća (Wolffia arrhiza). Prema Zakonu o zaštiti prirode u Istarskoj županiji zaštićeno je samo 9 biljnih vrsta: vratiželja (Anacamptis pyramidalis), bijela naglavica (Cephalantera damasonium), vazdazeleni likovac (Daphne laureola), srčenjak, božikovina, runolist, lukovičavi ljiljan, kranjski ljiljan i planinski jaglac (Primula auricula).

Prema Crvenoj knjizi ugroženih ptica Hrvatske iz 2003. na području Istre obitava ili je nekada obitavalo 16 rijetkih i ugroženih svojti ptica. Regionalno je izumro ćelavi ibis (Geronticus eremita). Kritično ugroženim svojtama smatraju se tankokljuni pozviždač (Numenius tenuirostris) i gorski zviždak (Phyloscopus bonelli), dok se u ugrožene svojte ubrajaju eja livadarka (Circus pygargus), suri orao (Aquila chrysaetos), prugasti pozviždač (Numenius phaeopus), mala čigra (Sterna albifrons) i velika ševa (Melanocorypha calandra). Osjetljive su svojte riđoglavi gnjurac (Podiceps grisegena), škanjac osaš (Pernis apivoru), zmijar (Circaetus gallicus), sivi soko (Falco peregrinus) i kosac (Crex crex). Ugroženima se smatraju i riđa štijoka (Porzana porzana), ćukavica (Burhinus oedicnemus) i mala šljuka (Lymnocryptes minima), iako za njih nema dovoljno podataka. Trenutačno je Zakonom o zaštiti prirode u Istarskoj županiji zaštićeno 236 životinjskih vrsta: 4 vrste leptira, 12 vrsta vodozemaca, 14 vrsta gmazova, 167 vrsta ptica i 39 vrsta sisavaca.

U Sloveniji je zaštita prirode određena Zakonom o ohranjanju narave, koji je donesen 2003. Javna služba očuvanja prirode organizirana je pri Zavodu RS za varstvo narave te pri Ministarstvu za okolje, prostor in energijo.

Na području slovenskog dijela Istre sa stajališta zaštite prirode napose su značajna tri područja: porječje Dragonje, kraški rub te more i morska obala. Zaštita mora niz je mjera i aktivnosti koje omogućuju očuvanje morskoga ekosustava i njegovih vrijednosti pred sve izraženijim ljudskim zahvatima i aktivnostima (pristaništa, pomorski prijevoz, turizam, marikultura, ribarstvo i dr.). Jedan od oblika zaštite morskoga okoliša zaštićena su područja. Prijedloge za njihovo proglašenje priprema Zavod RS za varstvo narave u Piranu, na temelju Zakona o ohranjanju narave te međunarodnih konvencija (Barcelonska i Ramsarska konvencija). Na području slovenkog dijela Istre more je uključeno u sljedeća zaštićena područja: krajinski parkovi Strunjan i Sečoveljske soline (park prirode) te spomenici prirode Rt Madona u Piranu i Debeli rtič. Livada morske cvjetnice posidonije između Kopra i Izole te priobalna vlažna staništa kraj Sv. Nikolaja u Ankaranu na odgovarajuće zaštitne mjere još čekaju. Zaštita mora obuhvaća i preventivno djelovanje protiv onečišćenja te mogućih pomorskih nesreća kod kojih dolazi do razlijevanja opasnih tvari. U takvim situacijama djeluje državna javna Služba za varstvo obalnega morja, utemeljena 1975.