Dragonja, rijeka u sjeverozapadnoj Istri, duga 28 km i s površinom porječja 95,6 km2.

Oblikuje se od dvaju rukavaca koji se spajaju kraj Škrlina pod Laborom, a mještani je nazivaju Rokava. Lijevi tok, Velika Rokava, odnosno Dragonja nastaje spajanjem više potoka u flišnom pobrđu kod Gračišča. Desni tok, Mala Rokava ili Pinjevec izvire podno Kocjančiča. Nakon spajanja kraj Škrlina Dragonja teče po nešto široj dolini, od Kaštela nizvodno uz rub bujskoga krasa i zatim se umjetnim koritom (kanal Sv. Odorika) na južnom rubu sečoveljskih solana ulijeva u Piranski zaljev (Savudrijska vala).

U Dragonju utječe 18 desnih i 13 lijevih pritoka, a najvažniji su desni Pinjevec i lijevi Argila – drugi imaju bujični karakter.

Dragonja ima pluvijalni (kišni) riječni režim sredozemne varijante. Ljeti često presuši, a pri većim kišama zimi vodostaj brzo naraste pa rijeka poplavljuje okolno područje. Srednji ljetni protok u gornjem je toku 0,289 m3/s, u srednjem 0,330 m3/s, a pri ušću 1,78 m3/s. U donjem je toku ispod bujske ploče napaja više jakih i stalnih izvora. Najveće specifično otjecanje može biti i više od 60 puta veće od prosječnoga.

Rijeka je duboko urezana u mekanu flišnu podlogu. Karakteristični su mnogobrojni brzaci, virovi, meandri, šljunčare i slapovi kaskadnog tipa, koji su posljedica intenzivnijeg trošenja mekanih laporastih slojeva u odnosu na čvršće slojeve pješčenjaka. Poznati su slapovi na Škrlinama, na pritoku Pasjoku i na potoku Supotu pod Koštabonom. Donji tok velika je naplavna ravnica s melioriranim poljoprivrednim površinama. Tu je Dragonja regulirana i preusmjerena u umjetno korito potoka Sv. Odorik, dok po nekadašnjem koritu u more teče desni pritok Drnica.

Korito i obale Dragonje i pritoka obrasli su karakterističnim vodenim raslinjem, a na većim šljunčarama raste i vegetacija tipična za krške travnjake na većim visinama. Padine su uglavnom obrasle submediteranskom sastojinom jesenske šašike i crnoga graba. Cijela dolina životni je prostor rijetkih i ugroženih životinjskih vrsta. Dragonja je bogata ribom (pastrva, cipal, jegulja).

Područje neposredno uz rijeku nije bilo naseljavano, tek su na njemu povremeno živjeli mlinari. Krajem XIX. st. postojala su 22 mlina. Zbijena naselja, zbog zaštite od poplava, smještena su na povišenom terenu, podalje od rijeke. Poljodjelske površine protežu se po padinama na desnoj obali Dragonje, koja je velikim dijelom terasirana i poduprta kamenim zidovima. Važna je proizvodnja povrća i voća; nasadi maslina i vinograda.

Donji tok Dragonje nakon II. svjetskog rata postaje granica između Hrvatske (bujski kotar) i Slovenije (koparski kotar), a 1991. i osnova državne granične crte.