Devedesete. Na prvim demokratskim višestranačkim izborima u Hrvatskoj, održanima 22.IV. i 6.V.1990., Hrvatska demokratska zajednica osvojila je 42,3% glasova i natpolovičnu većinu (57,6%) u Saboru. U Istri je najviše glasova dobio Savez komunista Hrvatske – Stranka demokratskih promjena (potom Socijaldemokratska partija Hrvatske), pa su gotovo svi istarski zastupnici bili iz te stranke.

Prvi demokratski višestranački izbori u Sloveniji održani su 8.IV.1990., a na njima je natpolovičnu većinu (51,3%) u Skupštini osvojila oporbena koalicija Demos. U slovenskom dijelu Istre najviše je glasova dobio Savez komunista Slovenije – SDP (25,2%).

U Hrvatskoj i Sloveniji 1989.–91. osnivale su se podružnice niza novih demokratskih stranaka, među kojima i Istarskoga demokratskog sabora, koji je 1990-ih najjača stranka u hrvatskoj Istri. Na referendumu o neovisnoj Sloveniji (23.XII.1990.) pozitivan je odgovor u Slovenskom primorju dalo 80,2% birača (u Sloveniji 88,2%). Na referendumu o neovisnosti Hrvatske (19.V.1991.) u Istri je za to po pojedinim općinama glasovalo 86,5–94,2% birača (u Hrvatskoj 93,2%). Obje su države 25.VI.1991. (Hrvatska je konačnu odluku potvrdila 8.X.) proglasile svoju neovisnost o Socijalističkoj Federativnoj Republici Jugoslaviji (SFRJ), no zbog suprotnih srpskih stajališta, odnosa snaga u jugoslavensom saveznom Predsjedništvu i uloge Jugoslavenske narodne armije (JNA), miran raspad Jugoslavije nije bio izgledan.

Porastom napetosti u proljeće i ljeto 1991. (napadi pobunjenih Srba u Hrvatskoj i JNA u Sloveniji), Krizni štab Republike Hrvatske osnovao je Regionalni krizni štab za istarsku regiju, na čelu kojega je bio Šime Vidulin. Osnovani su i općinski krizni štabovi (Pula, Rovinj, Poreč, Buje, Buzet, Pazin, Labin), među kojima je najsloženije zadaće u održavanju sigurnosti i obrane imao pulski štab (osnovan 12.IX.1991.). Operacije JNA u Sloveniji počele su 26.VI.1991., kada su postrojbe Riječkoga korpusa zauzele granične prijelaze prema Italiji. Nakon kratkotrajnog sukoba i višednevnih pregovora, one su 3.VII. napustile područje slovenske Istre. Ubrzo nakon toga počelo je povlačenje snaga JNA iz Slovenije, dijelom preko koparske luke, što je dovršeno 26.X.

U Hrvatskoj se tada rat razbuktava, pa su u Istru, kao još mirno područje, sredinom lipnja 1991. počeli dolaziti prvi prognanici, za koje su krizni štabovi osnivali odbore za prihvat i zbrinjavanje (te je poslove potom vodio Regionalni ured za prognanike i izbjeglice RH). Prve organizirane veće skupine počele su dolaziti početkom kolovoza 1991., a do početka prosinca u Istri je bilo oko 25.000 prognanika, najviše u Puli i Poreču. Najveća skupina došla je 15.XI.1991. brodom Slavija iz opkoljenoga Dubrovnika. Većina je prognanika i izbjeglica bila smještena u hotele i odmarališta, manji dio u obiteljima, a broj im se počeo smanjivati tek potkraj rata (1994.–95.).

U Istri su u jesen 1991. po vojarnama još uvijek bile razmještene snage JNA. Usporedno s planovima za preuzimanje tih objekata okupljane su hrvatske vojne snage: 7.IX.1991. ustrojena je Stodevetnaesta brigada Zbora narodne garde (potom HV), koja je od kraja siječnja 1992. do prosinca 1995. držala dio ličke bojišnice i čuvala državne granice. Bila je jezgra iz koje su 1991.–92. nastali drugi dijelovi HV-a u Istri: mornaričko Zapovjedništvo za sjeverni Jadran, Zrakoplovna baza Pula, 35. inženjersko-pontonirska bojna, Centar za obuku vojnika Muzil, Stopedesetčetvrta brigada. Krizni štabovi, pripadnici policije i ZNG od rujna 1991. nadzirali su JNA, koja je u Istri imala jake garnizone u Pazinu i Puli: više od 12.000 osoba; više desetaka zrakoplova, tenkova i oklopnih vozila te ratnih brodova; više od stotinu tisuća tona eksploziva, eksplozivnih naprava i streljiva. Počele su pripreme planova blokade vojarni, miniranja, izvlačenja hrvatskih i drugih vojnika iz JNA (zbrinuto je više od 2500 prebjega), preuzimanje evidencije novaka, priprema skloništa i čuvanja svih važnih objekata. Potkraj listopada 1991. osnovane su komisije za preuzimanje uporišta JNA, koja je počela napuštati manje važne objekte. Oklopna mehanizirana postrojba iz Pazina povučena je u Pulu, koja je bila posljednje uporište JNA u Istri. Među posljednjim preuzetim objektima bili su vojni aerodrom, vojarna Katarina i vojarna Muzil, odakle je trajektima u Crnu Goru odvoženo sve što se moglo odvesti. Uz napetost i prijetnje razaranjem grada, posljednji pripadnici JNA napustili su Muzil 16.XII.1991. Bilo je to vrijeme neizvjesnosti, noćne pucnjave, posebnih sigurnosnih mjera, skraćene školske nastave, zamračenja i nekoliko zračnih uzbuna.

Zakonom donesenim u prosincu 1992. RH podijeljena je na 20 županija i Grad Zagreb. Na području sedam dotadašnjih istarskih općina (osim opatijske) utemeljena je Istarska županija. Nakon što je radi naglog odlaska turista u kolovozu propala turistička sezona 1991., sezona 1992. nije dala nikakva rezultata, a cijelo hrvatsko gospodarstvo zbog ratnih je naprezanja i otežanih uvjeta rada došlo na rub propasti. Ono se u Istri počelo donekle oporavljati 1994. i 1995., ali tek nakon vojno-redarstvene akcije Oluja (kolovoz 1995.) bili su stvoreni pogodni uvjeti za početak potpunog oporavka Hrvatske u novim mirnodopskim okolnostima. U pretvorbi i privatizaciji nekadašnjih društvenih poduzeća izgubljeno je mnogo radnih mjesta, a mnoge su tvornice prestale postojati. Gospodarske su neprilike tisuće radnika i umirovljenika natjerale na rad u inozemstvu, najčešće u bližim talijanskim regijama. Prijelaz tisućljeća donio je postupno poboljšanje, a najveće se nade polažu u dodatni turistički razvoj. U prometnom se povezivanju posebna važnost pridaje Istarskom ipsilonu. Devedesete je godine u Istri obilježila politička artikulacija regionalizma, ali i smirivanje odnosa između županijskih i središnjih državnih vlasti nakon 2000.